16S rRNA序列分析技术在微生物宏基因组中的应用.doc

  16S rRNA 序列分析技术在微生物宏基因组 中的应用# 刘文俊1，张春林1,2，张彦斌1，王炜宏1，孙天松1，张和平1** 5 10 15 20 25 30 35 40 （1. 内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室，国家奶牛产业技术研发中心 乳制品加工研究室，内蒙古，呼和浩特，010018； 2. 内蒙古农业大学生命科学学院，内蒙古，呼和浩特，010018） 摘要：本文对近几年来广泛应用于微生物分类、鉴定等研究领域的宏基因组技术进行了综述， 尤其对基于 16S rRNA 基因序列分析等分子标记技术如：DGGE、RFLP、T-RFLP 和 SSCP 等在微生物分类鉴定和微生态环境中微生物多样性研究的最新进展进行了分析和探讨，以期 为微生物生物多样性研究提供新的思路和为 16S rRNA 序列分析技术在微生物宏基因组中的 应用提供新的资料。 关键词：微生物；16S rRNA；宏基因组 中图分类号：请查阅《中国图书馆分类法》 Application of 16S rRNA gene sequences analysis in the field of microbial Metagenomics Liu Wenjun1, Zhang Chunlin1,2, Zhang Yanbin1, Wang Weihong1, Sun Tiansong1, Zhang Heping1 (1. Key Laboratory of Dairy Biotechnology and Engineering Ministry of Education, Dairy Processing Laboratory of National Dairy Production Technology and Research Center, Inner Mongolia Agricultural University, Hohhot, 010018; 2. College of Life Science, Inner Mongolia Agricultural University, Hohhot, 010018) Abstract: In this paper the microbial metagenomics which was widely used in the field of microbial identification and classification was reviewed. In particularly, the molecular marker technology based on the 16S rRNA gene sequences such as DGGE, RRLP, T-RFLP and SSCP was analyzed and discussed. The aim of this paper was provided the new ideas for microbial diversity study, and obtained the new information for the application of 16S rRNA gene sequences analysis in the field of microbial Metagenomics. Key words: Microbiology; 16S rRNA; Metagenomics 0 引言 近代分子生物学研究表明，环境中 99%的微生物不能用常规的培养方法培养[1]，因此为 了研究未培养(unculture)或不可培养(non-Culture)的微生物，许多基于 DNA 序列的分子生物 学方法应运而生，其中主要的还是对微生物中保守的 16S rDNA 序列的分析。随着 16S rDNA 序列分析与系统分类学的广泛应用，以及不依赖于常规微生物培养技术的基因克隆等相关技 术的快速发展。由 Davies 等所创导的宏基因组 DNA 研究技术[2]，为 Handelsman 等[3]系统归 纳后提出了宏基因组(metagenome)的概念，泛指某一自然环境中全部微生物的基因组群 (genomes of the total microbiota flora found in nature)，主要思想就是直接将特定环境中的总体 基金项目：高等学校博士学科点专项科研基金资助课题（200801290008） 作者简介：刘文俊（1978-），男，助理研究员，乳酸菌分子生物学 通信联系人：张和平（1965 年-），男，教授，乳品科学与工程. E-mail: hepingdd@ -1-   遗传物质克隆到可培养的宿主细胞中进行克隆后