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实验三、多序列比对 软件平台 clustalX、bioedit、DnaMan 过程 Clustal：Load Sequence（数据文件必须在ClustalX目录里） 菜单Alignment-Alignment Parameters-Multiple Alignment Parameters 进入参数设置页面 alignment - do complete alignment，进行完全比对(生成.dnd和.aln文件) 比对完成，选择保存结果文件的格式phy：File-Save Sequence as- 结果处理：Bioedit: 导入.aln文件 “掐头去尾”edit DnaMan: 打开DnaMan,依次打开“文件/打开指定的/多重比对”，载入Clustal X比对后的.aln文件 点击options，参数设置，在这里，你可以设置每行显示的序列，是否显示一致序列，彩色或黑白等 点击Output,输出为图形文件 实验五、分子进化与系统发育分析 软件平台 clustalX , MEGA, Phylip（注：phylip使用方法可搜“phylip软件的说明”） TreeView 实验过程 ClustalX： （1） 使用CLUSTALX多序列比对，输出格式为 *.PHY（具体见上文） （2） 下载phylip，双击打开SEQBOOT ,按路径输入刚才生