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复旦大学 实验六：蛋白质结构分析与预测 杜 娟 dujuannx@126.com 基因与蛋白质组学数据分析 实验项目六：蛋白质结构分析与预测 一、 实验目的和要求： 掌握蛋白质二级、三维结构预测服务器的使用和结果分析； 掌握常用大分子空间结构显示软件的使用方法； * * 实验内容1 蛋白质二级结构预测 以人基质金属蛋白酶MMP14(Matrix metalloproteinase )序列为例，介绍SOPMA的二级结构预测方法。 人基质金属蛋白酶MMP14(Matrix metalloproteinase, MMP14)氨基酸序列的fasta形式可从NCBI的蛋白质数据库获得(gi|4826834|ref|NP_004986.1|matrix metalloproteinase 14 preproprotein [Homo sapiens])。 * SOPMA二级结构预测方法 （1） 进入SOPMA主页(http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_sopma.html)； （2） 在“Paste a protein sequence below”下的空白处提交蛋白序列（原始序列），可以在参数中进行符合我们要求的设置，然后点击“