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bioconductor系列教程之一分析基因芯片上 可以取代MAS5的主要还有两种算法，分别是dChip和RMA。RMA算法正逐步成为microarray的主流算法。RMA全称为log scale robust multi-array analysis，多阵列对数健壮算法。RMA算法并不直接从PM的信号中减去做为背景的MM信号，而是基于20组探针的信号分布来判断是信号还是噪音。这种算法无疑对于低噪号的实验有较大的适用性。 Figure 2 MAS5.0, dChip 和RMA算法结果比较（数据来源：Summaries of Affymetrix GeneChip probe level data. Irizarry RA, Bolstad BM, Collin F, Cope LM, Hobbs B, Speed TP. Nucleic Acids Res 2003: 31(4);） 所以这里，我就主要介绍一下如何在bioConductor使用RMA算法预处理基因芯片原始数据。 首先，去/support/technical/sample_data/demo_data.affx下载一些示例数据文件下来。这里，我使用Arabidopsis-AG AGCC数据示例。我们先把下载下来的文件解压后拷贝ArabidopsisATH1-121502.CEL文件至R工作文件夹下。 首先是一个快速