分子实验学习总结——郁娟.docVIP

DNAstar：序列拼接 MEGA：分析碱基组成 CLUSTAL：序列比对 PAUP：跑树 DABE：饱和性分析 总思路：序列拼接-比对- 四、下载序列的方法 打开.Fasta格式的序列-File export-sequance alignment-保存 在NCBI上找到相应的序列方法： Search Nucleotide for 文章的genibank序列号-reports-复制序列到txt文件中，删除没用的东西，只留下序列和学名。 保存成txt文件后，打开Editseq-将,txt序列复制到其中-save保存为seq格式 五、将拼接序列翻译成蛋白质方法 打开拼接的序列-全选中-Goodies-translate DNA 2、如何计算碱基含量比值、 答：MEGA-Nucleotide Composition 六、DAMBE序列饱和性分析 序列的饱和性分析在DAMBE程序中，以转换、颠换数为纵轴，以TN93模型（Tamura and Nei, 1993）校正的距离为横轴做散点图。如果这些点随序列间分歧增大呈线性分布就说明序列间替换没有达到饱和，序列可以用于后续的系统发育分析。DAMBE还长用在单倍型的归纳、基因频率和碱基组成分析、遗传距离计算、序列排序、 5.2.2碱基替换饱和效应的检验 当核苷酸序列分歧较小时，序列之间被观察到的核苷酸差异数接近实际替换数。如果序列分歧较大