第七章[补充材料]分子进化的计算分析2.ppt

第七章 补充材料 分子进化的计算分析 内容提要 1. 分子进化及系统发育分析的介绍； 2. 系统发育树的构建方法； 3. MEGA软件的使用； 内容提要 1. 分子进化及系统发育分析的介绍； 2. 系统发育树的构建方法； 3. MEGA软件的使用； 什么是分子进化 1. 1964年，Linus Pauling提出分子进化理论； 2. 发生在分子层面的进化过程：DNA, RNA和蛋白质分子； 3.核苷酸和氨基酸序列中含有生物进化历史的全部信息； 分子进化的模式 1. 单个碱基对的改变，替代，或者点突变； 2. Indels：插入或者缺失； 3. 基因复制：多基因家族的产生以及伪基因的产生； A. 单个基因复制 – 转座或者逆转录； B. 染色体片断复制； C. 基因组复制； 分子进化的理论 1. 阳性选择，适应性进化，达尔文进化：DNA分子显著出现非同义替代，改变编码蛋白质的氨基酸组成，并产生新的功能； 2. 阴性选择，净化选择：DNA分子的同义替代显著，较少改变蛋白质的氨基酸组成，其原来的功能高度保守； 3. 中性进化：同义替代与非同义替代比例相当，突变不好不坏，不改变或轻微改变蛋白质的功能。 同义替代 vs. 非同义替代 Ka/Ks：计算及含义 1. Ka：每个非同义位点的非同义替代数目； 2. Ks：每个同义位点的同义替代数目； 3. 一般计算公式：考虑序列上所有可能的同义位点(S)和非同义位点(N)，通过双序列比对发现存在的同义位点(Sd)和非同义位点(Nd)，存在： Ka/Ks：计算及含义 (2) 1. Ka/Ks ~ 1: 中性进化； 2. ka/Ks << 1: 阴性选择，净化选择； 3. ka/Ks >> 1: 阳性选择，适应性进化 4. 多数基因为中性进化，约1%的基因受到阳性选择->决定物种形成、新功能的产生。 5. PAML, MEGA等工具：计算Ka/Ks及统计显著性 分子进化研究的目的 1. 从物种的一些分子特性出发，构建系统发育树，进而了解物种之间的生物系统发生的关系 —— tree of life; 物种分类； 2. 大分子功能与结构的分析：同一家族的大分子，具有相似的三级结构及生化功能，通过序列同源性分析，构建系统发育树，进行相关分析；功能预测； 3. 进化速率分析：例如，HIV的高突变性；哪些位点易发生突变？ 无根树，有根树，外围支 无根树和有根树：潜在的数目 #Taxa 无根树 有根树 内容提要 1. 分子进化及系统发育分析的介绍； 2. 系统发育树的构建方法； 3. MEGA软件的使用； 系统发育树重建分析步骤 系统发育树重建的基本方法 1. 最大简约法(maximum parsimony,MP) 2. 距离法(distance) 3. 最大似然法(maximum likelihood,ML) 最大简约法（MP） 1. 理论基础为奥卡姆（Ockham）原则：计算所需替代数最小的那个拓扑结构，作为最优树。 2. 在分析的序列位点上没有回复突变或平行突变，且被检验的序列位点数很大的时候，最大简约法能够推导获得一个很好的进化树。 3. 优点：不需要在处理核苷酸或者氨基酸替代的时候引入假设（替代模型）。 4.缺点：分析序列上存在较多的回复突变或平行突变，而被检验的序列位点数又比较少的时候，可能会给出一个不合理的或者错误的进化树推导结果。 1. 信息位点，必须在至少2个taxa中具有相同的序列性状。 2. 信息位点是指那些至少存在2个不同碱基/氨基酸且每个不同碱基/氨基酸至少出现两次的位点。 上例 1. Position 5, 7, 9为信息位点； 2. 基于position 5的三个MP树: Tree 1长度1，Tree 2 & 3长度2； 3. Tree 1更为简约：总长：4； Tree 2长5；Tree 3长6； 4. 计算结果：MP tree为tree 1. 2. 距离法 又称距离矩阵法，首先通过各个物种之间的比较，根据一定的假设（进化距离模型）推导得出分类群之间的进化距离，构建一个进化距离矩阵。进化树的构建则是基于这个矩阵中的进化距离关系 。 通过距离矩阵建树的方法 由进化距离构建进化树的方法有很多，常见有： (1) Fitch-Margoliash Method（FM法）: 对短支长非常有效； (2) Neighbor-Joining Method (NJ法/邻接法) ：求最短支长，最通用的距离方法 (3) Neighbors Relaton Method(邻居关系法) (4) Unweighted Pair Group Method (UPGMA法) NJ/邻接法 1. 与FM方法非常类似。 2. 保证总的支长最短。