siRNA理性设计原理分析.pdf

《生命的化学》2007年27卷4期 · 344 · ● CHEMISTRY OF LIFE 2007，27(4) 文章编号: 1000-1336(2007)04-0344-03 siRNA理性设计原理分析 方 翔 曹以诚 杜正平 郭 旭 卓 敏 (华南理工大学生物科学与工程学院，广州 510640 ) 摘要：siRNA作为基因功能研究和临床治疗的重要工具，已经引起了科学界的广泛关注，世界上许多学术和商业机构也开发了 相应的siRNA设计程序。近年来，随着对siRNA机制研究的不断深入，尤其是2004年Reynolds等提出siRNA理性设计规则之 后，许多新的理论极大地推动了siRNA设计程序的发展。本文就siRNA设计程序所普遍考虑的设计原理，从基本经验规则、siRNA 序列特征、靶mRNA的可接近性、热动力学特征以及特异性检验方法等5个方面进行了分析和论述，为国内科研机构开发自己的 siRNA设计程序提供思路和方法。 关键词：siRNA；理性设计；可接近性；热动力学；特异性 中图分类号：R392 1siRNA作用机制概述 取具有NA(N)或NAR(N)YNN序列特征的siRNA(其 21 17 小干扰RNA(small interfering RNA，siRNA)作为 中N为任意一种核酸，R为任意一种嘌呤，Y为任意 与RNA干扰现象紧密相连的非编码RNA之一，是后 一种嘧啶)并将正义链3'端的两个碱基转换为TT；(4) 基因组时代的重要研究工具。其作用机制首先是进入 靶mRNA序列应具有50％左右的GC含量。 体内的siRNA双链解开，引导链(指siRNA反义链)进 [3] 然而，Ding等 认为，AA(N19)或NA(N19)这样 入RNA介导的沉默复合体(RNA-induced silencing 的靶类型在有效性方面缺乏文献支持；因此，世界上 [1] complex，RISC)，并切断具有序列特异性的mRNA， 著名的siRNA设计程序只有一部分采用了Tuschl等的 切断部位大约在与反义链配对序列的中部，然后靶 经验规则，而更普遍的基本设计规则如下 ：(1)siRNA mRNA进一步降解。当今国际上许多学术和商业机构 双链体(siRNA duplex)由长为21nt的正义链和反义链 都开发了自己的siRNA设计程序，比较著名的有Sfold组成，两条链的3'末端分别带有dTdT的悬垂；(2) sirna，Sisearch和SiDirect等，它们的设计原则有相同 siRNA序列本身应具有较低的GC含量；(3)含有3个 的部分，但又各具特色，以下将对这些设计原则分别 以上G或C的序列应被排除，因为poly(G)或poly(C) 进行阐述。 会形成四联体(quartet)而影响到siRNA的干扰效果； 2siRNA设计程序设计原理 (4)当采用聚合酶III(polymerase III)启动子表达时，应 [2] 2.1基本经验规则 Elbashir等 在2001年提出了 避免选择含有AAAA或TTTT的序列，因为连续4个 siRNA的经验设计规则，主要包括以下几点 ：(1)在给 A或T是聚合酶Ⅲ启动子的中止信号；(5)序列中应避 定的siRNA序列中，从起始密码