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细菌菌株基因型及基因符号说明.pdf 10页

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细菌菌株基因型及基因符号说明.pdf
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整理 by raimi 大肠杆菌基因型及遗传符号说明 前言:实验室的一般大肠杆菌拥有 4288 条基因,每条基因的长度约为 950bp,基因间的平 均间隔为 118bp (基因Ⅷ)。E.coli 基因组中还包含有许多插入序列,如λ-噬菌体片段和一 些其他特殊组份的片段,这些插入的片段都是由基因的水平转移和基因重组而形成的,由此 表明了基因组具有它的可塑造性。 利用大肠杆菌基因组的这种特性对其进行改造,使其中的某些基因发生突变或缺失,从 而给大肠杆菌带来可以观察到的变化,这种能观察到的特征叫做大肠杆菌的表现型 (Phenotype),把引起这种变化的基因构成叫做大肠杆菌的基因型(Genotype )。具有不同基 因型的菌株表现出不同的特性。 分子克隆中常用的大肠杆菌及其遗传标记按 Demerec 等 1966 年提出的命名原则,采 用的菌株所有的基因都假定处于野生型状态,除非在基因型上另外注明。 大肠杆菌基因型的表示方法(Demerec, et, al. 1966): 一、一般规则: 1、根据基因产物或其作用产物的英文名称的第一个字母缩写成 3 个小写斜体字母来表示。 例如:DNA Adenine Methylase→dam 。 2 、不同的基因座,其中任何一个突变所产生的表型变化可能相同,其表示方法是在 3 个小 写斜体字母后加上一个斜体大写字母来表示区别。例如:Recombination→recA 、recB 、recC 。 3、突变位点应通过在突变基因符号后加不同数字表示。如supE44 (sup 基因座 E 的44 位 突变)。如果不知道几个等位基因中哪一/几个发生了功能性突变,则用连字符“- ”代替大 写字母,如 trp-31 。 4 、细菌的基因型中应该包含关于其携带的质粒或附加体的的信息。这些符号包括菌株携带 的质粒或附加体、质粒或附加体上的突变基因座和突变位点。其基因符号应与基因座的表示 符号明显区别,符号的第一个字母大写、不斜体并位于括号内;质粒或附加体上的突变基 因座和突变位点的基因符号的表示方法与染色体上突变基因座、突变位点的符号相同。 5、对于携带附加体的菌株的完整基因型描述应包括附加体的状态(游离或整合)。以F 因 子为例,F- :F 因子缺失;F+ :自主性 F 因子,不携带任何遗传可识别染色体片段;F’ : 携带有遗传可识别细菌染色体片段的自主性 F 因子;Hfr :整合到染色体上的F 因子(high frequency of recombination )。当这些质粒或噬菌体片段变异或缺失时,用( )”或“/ ” 等以区别。例如:/F' [traD36 、proAB 、lac I q、lacZ  M15] 6、某个基因或某个领域缺失时,在其基因型前面加上“ ”表示。例如:lac-proAB 基因缺 失时它的基因型表示为 (lac-proAB) 。 7、由于某种基因的变异导致大肠杆菌可以明显观察到特征变化,有时也用其表现型代替基 因型进行表示。例如:某些抗药性的获得或丧失,用如下方式表示:Streptomycin 抗性→Str DICP-1816 菌株管理档案 1——细菌菌株基因型及基因符号说明 1 整理 by raimi + r - 或 Str ,Ampicillin 敏感性→Amp 。 (第一个字母要大写, “+ ”或“r ”表示有抗性, “- ”表 示无抗性或敏感) 。 8、根据某些特异性蛋白的变异及其导致的结果变化进行表示。 例如:TH2 菌株上有一种基因型表示如下:hsdS20 (rB- 、mB-) ,其中S20 代表特异性识别 蛋白发生变异,()中的 rB- 、mB-表示由于 S20 的变异而导致B 株来源的 hsdR 和 hsdM 的功 能缺失。 9、蛋白质的名称与对应的基因或等位基因相同,但不用斜体,且首字母大写,如,UvrA 、 UvrB 。 二、基因符号和意义(见表1) 部分基因符号和意义 基因符号 意义 注释 Δ 缺失 缺失

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