2009年新型甲型H1N1流感病毒全基因组序列重组分析及同源性比对.pdfVIP

解放军医学杂志 2009年 12月 1日第 34卷 第 12期 MedJChinPLA，Vo1．34，No．12，December1，2009 ·1393 · · 甲 型 H IN1流 感 病 毒 研 究 专 题 · 2009年新型甲型H1N1流感病毒全基因组序列重组分析及同源性比对 鹿文英 殷建华 李淑华 韩磊 韩一芳 苏彤 曹广文 【摘要】 目的 分析 2009年新型甲型 HIN1流感爆发以来流感病毒的全基因组进化变异及重组情况。方法 从 NCBI基因数 据库下载2009年新型甲型 HIN1流感病毒 (A／H1N1)代表性全基因组序列，先用 M阱A4．0软件对8个基因序列片段进行 比对和拼 接 ；然后将历史上流行的H1N1、H5N1、H3N2等不 同宿主(人、禽、猪)的流感病毒全基因组序列用 MEGA做 比对拼接，并用 NJ法构 建进化树 。采用 Simplot3．5．1软件分析2009年新型甲型 H1N1流感病毒基因重组情况。结果 自2009年 3月爆发新型甲型 H1N1 流感以来 ，截至 9月 ，病毒基因没有 出现变异 ，同源性为 99．69 ～99．93 。基因重组分析显示 ，新型 甲型 HIN1病毒株 PB2、PB1、 PA、HA、NP和NS基因来源于近年来北美地区猪源人 HIN1，同源性分别为 95．25 ，95．O8 ，95．21 ，93．52 ，95．23 ，94．78 ； NA和MP与欧洲地区猪 H1N1同源性较高，分别为9O．21％，94．43 。全基 因序列同源性分析发现 2009年新型甲型 HIN1流感病 毒与北美地区猪 H1N1病毒同源性最高，为92．22 。结论 2009年新型 甲型 HIN1流感病毒是由2005年北美地区猪 HINI病毒与 欧洲猪 H1N1的NA和 MP片段重排进化而成，新病毒暂未发生变异，HIN1新流感疫苗具有保护作用 。 【关键词】 流感 ，人；流感病毒 A型，HIN1亚型；进化 ，分子 【中国图书资料分类号】 R511．7 【文献标识码】 A 【文章编号】 0577—7402(2009)12—1393—05 Recombinationanalysisandhomologyalignmentoffull-lengthgenomicsequencesofthenovelA／m N1influenzavirusin2009 LU Wen-ying，YIN Jian-hua，LIShu-hua，HAN Lei，HAN Y卜fang，SU Tong，CAO Guang-wen ． DepartmentofEpidemiology ，CollegeofBasicMedicalScience，SecondMilitaryMedicalUniversity，Shanghai 200433，China *Correspondingauthor，E-mail：gcao@SITIITIU．edu．cn [Abstract] Objective ToanalyzethegeneticvariationandrecombinationofthenovelA／H1N1influenzapandemicvirusin2009． Methods Full-lengthsequenceoftypicalnovelA／H1N1influenzaviruswasdownloadedfrom NCBIdatabase．MEGA4．0softwarewas usedtoconnectandaligntheeightfragmentsofthevirus．ThenthefragmentsofdifferentsubtypessuchasH1N1，H5N1andH3N2of thehistoricalstrainsfrom differenthosts，includinghuman，poultryandpigs，wereconnectedandalignedinthesameway．A phylogenetic treewasconstructedbyNJmethod．Therecombinationanalysisof2009pandemicviruswasma dewithSimplot3．5．1software．Results Therewasnoclearvariation (identitywas99．69 一99．93 )intheno