二维分子的原子不对称性研究.pdfVIP

VoI．3l 高 等 学 校 化 学 学报 No．8 2010年 8月 CHEMICALJOURNALOFCHINESEUNIVERSITIES 1620～1625 二维分子的原子不对称性研究 张庆友 ，周艳梅 ，龙海林 ，郝军峰 ，刘绣华 ，许 禄 (1．河南大学化学化工学院环境与分析科学研究所，开封475004； 2．中国科学院长春应用化学研究所，长春 130022) 摘要 基于分子形状的二进制编码提出了权原子和法来描述原子的不对称环境，其中权原子和是以相反的 方向环绕分子所得原子不对称环境的量度 ，分子中一个原子的权原子和与其镜像分子中相应原子的权原子 和的大小相等，符号相反．权原子和不仅适用于手性分子，还能描述非手性分子中原子的不对称性．与 Randi6提出的原子和进行比较表明，权原子和比原子和具有更好地区分能力，因此，权原子和能够更好地表 征原子的不对称性． 关键词 苯环型化合物；二维分子形状；原子不对称性；权原子和 中图分类号 O641 文献标识码 A 文章编号 0251-0790(2010)08—1620-06 很多化合物的性质和活性与手性密切相关 ，因而手性化合物的研究 13益引起人们的重视，并主要 针对三维手性化合物进行了一系列的研究 j，包括对常用拓扑指数 (例如Am指数)进行手性扩 展 ¨4j．为了具有普遍性，Kelvin__将手性概念扩展到Ⅳ维空间．在此基础上，1995年Randi6等 提出了适用于二维空间的形状编码，该编码采用二进制描述了二维苯环型化合物(苯并化合物)的形 状．2001年，Randi6¨以该二进制编码为基础提出了“原子和”，原子和能够较为成功地表征原子的不 对称性，但是其简并现象较普遍 ，有待于进一步改进． 目前，大部分关于手性化合物的研究均是以整个分子为研究对象，针对原子的研究较少，作者 ¨ 曾经提出过原子的构象依赖手性指数，并将其应用于手性分子中原子的化学位移预测，但并未涉及到 原子的不对称性问题．而原子不对称性的研究将有助于分子手性指数的开发，并能推广到三维结构的 表征．目前该类研究的相关文献较少． 与二维分子的手性程度 ，描述类似 ，很难从直觉上判断哪一个原子的不对称性的大小，这需要 以一定的算法作为标准．由此提出较合理、有效的原子不对称性描述算法是十分必要的．本文以苯环 型化合物为对象，将苯环型化合物看成六元环，以共边形式并联在一起，并假设分子的键长键角均相 等，用权原子和表征原子的不对称性．与原子和相比，权原子和简并现象少，区分能力强，能较好地描 述手性分子和非手性分子中原子的不对称性．尽管本文以小分子的苯环型化合物为例，其方法对大分 子的苯环型化合物同样适用．同时，本方法还可以扩展到其它化合物研究． 1 原 理 一 个化合物经过转换后不能与它的对映体重合，则说明该化合物为手性化合物．从二维的角度来 看，镶嵌在平面上的化合物，如果在平面内旋转后不能与其镜像重合，则可以被认为在二维空间是手 性的，尽管它们在三维以上的多维空间是非手性化合物． 三维物体的形状可以通过投影形状、投影面积、表面积和体积等来描述．而二维形状的描述较为 简单，仅仅通过描述形状的边界(轮廓)即可以实现．如果以苯环型化合物的顶点为基础进行编码，则 可得到由二进制编码(Binarycode)描述的形状，其编码规则如下：(1)采用二进制(0和 1)对边界的顶 收稿 日期：2010-01—12． 基金项 目：国家自然科学基金(批准号资助． 联系人简介：许 禄，男，研究员，博士生导师，主要从事化学信息学研究．E-mail：luxu@ciac．j1．OIl 现在郑州高新技术产业开发区管理委员会工作． 张庆友等 ：二维分子 的原子不对称性研究 点进行编码 ，内部的顶点不参与编码．(2)支化度为2的顶点编码设定为 1，支化度为3的顶点编码设 定为0．(3)按顺时针方 向或逆时针方向读取顶点，二者所得到的分子编码不同，所以进行分子编码时 需指明读取方向．(4)从不同的顶点开始编码所得到的分子形状编码不同，因