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基于ITK 和VTK 的原位根系三维可视化研究 基于ITK 和VTK 的原位根系三维可视化研究 1 1※ 1 1 1 陈郁淦 ，周学成 ，罗锡文 ，曹霞 ，乐凯 （1.华南农业大学 工程学院 南方农业机械与装备关键技术教育部重点实验室，广州 510640） 摘 要：本文采用目前国内外医学图像处理与分析领域运用最广泛的两个的算法平台:分割与配准工具箱ITK （InsightSegmentation and Registration Toolkit）和可视化工具箱VTK （Visualization Toolkit），对植物根系原位CT 序列图像进行分割及三维可视化 研究。首先，采用基于置信连接的区域生长算法对根系原位CT 序列图像中的目标区域进行分割，并对分割后的图像进行数学形态学 修整，以求更加完整地从断层图像中提取根系区域。然后，利用的移动立方体（Marching Cubes）算法对分割好的根系CT 序列图像 进行三维重建。最后，采用面向对象的编程语言C++结合ITK和VTK 工具箱编程实现上述相关算法。实验结果表明本文提出的方法能 够有效地实现根系CT 序列图像的分割与三维重建，从而实现了对生长在介质环境中根系进行原位、快速、无损地三维可视化观测。 关键词：原位根系; CT 图像; 图像分割; ITK和VTK; 三维重建 中图分类号：TP391.4 0 引 言 1 ITK 和VTK 工具包简介 根系是植物从土壤等介质环境中获取水分和养分的 重要器官。由于根系的生长环境具有不透明性和不可见 目前，国内外医学图像处理与分析领域运用最广泛 的特殊性，很难对其进行直接的观测，这制约了根系研 的两个的算法平台是 ITK （Insight Segmentation and [1][2] 究的发展 。随着现代科学技术的不断进步，人们开 Registration Toolkit ）和VTK （Visualization Toolkit ）。 始致力于寻找更加科学、有效、经济的技术手段和方法 ITK 是一个医学影像分割与配准开发包。在 1999 解决上述问题。20 世纪90 年代以来，X 射线计算机层 年，由美国国家卫生院(NIH)下属的国立医学图书馆 析成像（X-ray Computed Tomography, XCT ）/磁共振成 (NLM)发起了一个投标活动，出资赞助开发一个开放源 像（Magnetic Resonance Imaging, MRI ）等现代层析技术 码的分割与配准的算法研究平台，作为可视人体工程的 的快速发展，为研究与实现植物根系的原位三维观测和 一个开发工具，对可视人体项目得到的数据进行处理与 定量分析技术提供了重要的机遇和技术条件。 分析。ITK 的NIH/NLM 的工程负责人TerryYoo 博士带 本文利用XCT 扫描设备获取植物根系原位CT 序列 领 6 家单位合作开发，这 6 家单位包括 GE Corporate 图像，然后利用计算机图像图形处理技术对序列图像进 RD、Kitware、Insightful 三个商业公司和University of 行处理，实现对植物根系的原位观测和分析。由于采集 North Carolina 、University of Utah 和 University of 到的根系CT 序列图像的格式为医学图像DICOM 格式， Pennsylvania 三所大学。2002 年ITK 官方首次发行ITK 所以采用目前国内外医学图像处理与分析领域运用最广