DNA不同提取方法对养殖池塘底泥细菌多样性PCR-DGGE检测的影响.pdfVIP

吉林农业大学学报 2009，31(6)：771～776 http：／／xuebao． “．edu．ca JournalqJilinAgriculturalUniversity E—mail：flndxb@ ．sina．con DNA不 同提取方法对养殖池塘底泥细菌多样 性 PCR—DGGE检测的影响 王 宇1,2，林文辉 ，王亚军 ，毕 晔 ，石存斌 ，吴淑勤 1．中国水产科学院珠江水产研究所，广州510380；2．大连水产学院生命科学与技术学院，大 连 116023 摘 要 ：应用 PCR—DGGE技术研 究了养殖池塘底泥 中细菌 DNA5种提取方法对细菌多样性检测 的影响 。结 果显示：(1)DNA粗提液中腐殖酸与蛋 白的纯度无正相关 ；(2)5种方法提取 的DNA粗提液经过纯化后进行 PCR均取得 良好结果；(3)采用复合破壁方法提取养殖池塘底泥细菌 DNA有利于显示细菌多样性；(4)DNA提 取方法是影响池塘底泥细菌多样性PCR—DGGE结果 的关键 因素 ，与DNA的产量 、纯度关系甚微 ；(5)5种方法 相似性高达 0．79，在对养殖池塘底泥细菌多样性进行粗略分析 时均可使用 ；(6)本试验 中，基于改进 的Martin— Laurent法是用于养殖池塘底泥细菌多样性 PCR—DGGE研究的较好 的总 DNA提取方法。 关键词 ：养殖池塘底泥 ；细菌多样性；DNA提取 ；PCR—DGGE；优势种群 中图分类号：$955 文献标识码 ：A 文章编号：1000—5684(2009)060771—06 InfluenceofDifferentDNA Extraction M ethodson M icrobialDiversity PCR —DGGE DetectionofCulturePondSendiment WANGYu’，LINWen—hui’，WANGYa—jun’，BIYe’，SHICun—bin’，WUShu—qin’ 1．ResearchInstitute PearlRiverFisheries，ChineseAcademy se，)，Sciences，Guangzhou510380， China；2．Collegeo厂Aqua—lfieScienceandTechnology，DalianFisheriesUniversity，Dalian116023， China Abstract：Inthisresearch，PCR—DGGE techniquewasusedforstudyingfivedifierentextractionmeth． odsofmicrobialDNA ofthepondsedimentindifferenceofmicrobialdiversities．Thepurposeistotryto findextractionmethodsofDNAwhichcanbebestusedtoobjectivelyreflectthediversitiesandadvan— tagesofthebacteriaofthepondsediment，andtoevaluatecomprehensivelythefiveextractionmethods． Theresultsshowedthat：DNA inthecrudeextractoftwohumicacidsandproteinpurityisofnopositive correlation；thecrudeDNA extractofthefiveextractionmethods，afterpurification，yieldsgoodresults withPCR；brokencompositemethodisused intheextractionofmicrobialDNA inthesedimentponds， helpingenhancemicrobialdiversity；DNA extractionmethodisthekeyfactorofpondsed