细菌和古细菌基因组核心词理论及其应用.pdfVIP

细菌和古细菌基因组核心词理论及其应用.pdf

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摘 要 随着人类基因组计划的顺利完成,微生物基因组全序列测定计划在全球被快速 地推行,同时也加快了对人类致病原菌的全基因组的测序.细菌基因组学作为微生物 基因组学的—个主要内容,也将成为今后相当长时间内的研究热点.本文以GenBank 中280条细菌和古细菌的DNA序列为实验数据,以沈世镒教授提出的生物序列语 义分析理论为基础,重点讨论语义分析中的核心词理论,所谓核心词就是在基因组 中仅出现一次,但内缩一位出现n次(n1)的DNA向量.我们得到了以下结果: (1)对基因组搜索核心词的快速算法,该算法的计算复杂度与基因组序列长度成 正比;(2)所有基因组核心词的词库及它们的统计结果;(3)列举了核心词数据 库在生物语义分析中的几点应用,包括关键词和基因核心词的搜索及核心词、关键词 和基因核心词比对等. 关键词: 语义分析关键词核心词基因核心词复杂度 Abstract Asthe oftheHumanGenome Genome accompli8hing Project(HGP),Microbial carriedout inthewhole bacterm Program(MGP)isbeing rapidly world,and ge nomicresearches the of Asan speed l【eypathogenicgenes. importa皿t up finding of wouldbecometothe in branch Genomic8 Micobi出Genomics,Bacteria hot8pot tjme. onthe w11ichis Prof a】ong Basing s锄龇1tic锄aly幽theoryproposedby of as Shen takes280DNA bacteriathe Shiyi,this ori舀naldata, paper 8equences kernelword thekernelword isthevectora(“)which mainly池c11sses theory.The main onceinthe but th舡lonce.The appe盯8only sequencen_一1)appea船more of kernelwordin resultsthis of fast越gorithm paperincluding:(1)the resear出ing kernelworddatabaseofthe280DNA theirstatjstical genomes;(2

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