生物信息学大实实验指导.docVIP

生物信息学大实验实验指导 适用专业：生物信息学 生物与制药大类 编写：解增言 生物信息学院 2014年4月  目录 实验1 基因组序列组装（软件CAP3的使用） 3 实验2 基因组序列组装（软件velvet的使用） 7 实验3 原核生物基因识别（软件Glimmer的使用） 9 实验4 真核生物基因识别（软件GlimmerM的使用） 17 实验5 HAP3基因家族的多序列比对分析（软件ClustalX与ClustalW的使用） 25 实验6 HAP3基因家族的分子进化分析（软件PHYLIP和MEGA的使用） 28 实验7 HAP3基因家族的分子进化分析（软件MrBayes的使用） 33 实验8 HAP3蛋白的结构分析（软件RasMol的使用） 42 实验1 基因组序列组装（软件CAP3的使用） 一、实验目的 1． 了解基因组测序原理和主要策略； 2． 掌握CAP3序列组装软件的使用方法。 二、实验原理 基因组测序常用的两种策略是克隆法（clone-based strategy）和全基因组鸟枪法（whole genome shotgun method）。克隆法先将基因组DNA打成大的片段，连到载体上，构建DNA文库；再对每一个大片段（克隆）打碎测序。序列组装时先组装成克隆，再组装成染色体。克隆测序法的好处在于序列组装时可以利用已经定位的大片段克隆, 所以序列组装起来较