NGS中的单基因遗传病的生物信息分析.ppt

NGS中的单基因遗传病的生物信息分析 张超 2015-3-25 HGP: Human Genome Project 1990-2001 英，美，法，德，日，中 30亿美元 与曼哈顿原子弹计划、阿波罗登月计划并称为三大科学计划 NGS: Next Generation Sequencing 通量大 1.8T/run 10几个基因组/run 耗资少 10000RMB/sample 耗时少 3d/run 单基因遗传病&NGS 用基因组学来解释遗传病，将基因型和表型联系起来。 蛋白质是影响表型的直接原因，DNA是根本原因 NGS测序技术 WGS（Whole Genome Sequencing） WES（Whole Exome Sequencing） TES（Target Enrichment Sequencing） RNA-seq, CHIP-seq, RRBS,MeDIP,Hi-C… illumina platform MiSeq NextSeq（500,550） HiSeq（2000,2500,3000,4000） Hiseq X（xten,xfive） 桥式PCR，SBS 测序出来的reads序列 WES :capture 遗传病基本分析流程 1.QC (1) 去除带接头(adapter)的reads； (2) 去除N(N表示无法确定碱基信息)的比例大于10%的reads； (3) 当单端测序read中含有的低质量(低于5)碱基数超过该条read长度比例的50% 时，需要去除此对paired reads。 2.Mapping Read1与read2不在同一个链上 5’ 5’ read1 read2 Ref SAM/BAM format header Reads: RNAME,FLAG,CHR,POS,MAPQ,CIGAR… Depth & Coverage Avg_depth=total_base/genome_length Coverage=covered_base/genome_length Capture_efficient=total_base_in_TR/total_base Depth=3 coverage~50% ref reads 3.SNP/indel calling GATK 4.CNV calling cnv 检测方法 PEM split reads RD de novo assembly combination of above 5.SV calling 结果注释 <1>染色体结构注释：cytoBand，基因组重复区域，保守区域，基因名，转录本，基因间区 <2>基因结构注释：外显子，内含子，UTR，剪切区域 <3>外显子变异类型：missense, splicing, synonymous, stop loss,stop gain, frameshift... (OR4F5:NM_001005484:exon1:c.A421G:p.T141A) <4>突变功能预测：sift，ployphen2, mutationTaster <5>疾病相关：1000G，dbSNP_nonflagged，GWAS，OMIM，HGMD 。 。 。 致病突变筛选 过滤掉高频突变 过滤掉同义突变 筛选出外显子，剪切区突变 突变危害预测 基于家系的突变筛选 隐形病 显性病 de novo mutation 显性病 筛选突变策略 患者为0/1 不患病为0/0 隐形病 筛选突变策略： 父母0/1 患病子女1/1 或者 复合杂合 不患病子女中为0/1 或者 0/0 De novo mutation 筛选突变策略： 父母中为0/0 患病子女为0/1 不患病子女为0/0 其他分析 病毒插入 通路富集 蛋白功能网络 癌症： Somatic variation Driver mutation Clone分析(异质性，转移复发) Thanks