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比对论文：基于谱的蛋白质序列比对方法研究 【中文摘要】随着生物信息学的发展,大量的蛋白质需要进行分析。但对于许多蛋白质序列,人类并不清楚它们之间的进化关系,也不清楚它们所具有的生物学功能。这就需要对蛋白质进行序列比对以确定它们的进化关系,以及预测它们的生物学功能。本文首先介绍了在生物信息学中广泛应用的几种蛋白质序列比对方法,并对他们的特点进行了总结。然后给出了蛋白质序列比对的谱方法,并将谱方法和BLAST方法在比对精确度上进行了比较。在谱方法中,对于两条待比对的序列,首先根据它们各自的相关序列计算出两个谱；然后对这两个谱进行比较,得出一个关系矩阵；再根据关系矩阵,采用动态规划方法求出这两条序列的比对结果；最后,根据比对结果评价这两条序列的相关性。实验数据表明,在待测蛋白质序列长度较长时,谱方法的比对精确度比BLAST方法有较明显的优势。 【英文摘要】With the development of bioinformatics, a large number of proteins need for analysis. However for many protein sequences, the human is not clear evolutionary relationships between them, or the biological function. Protein sequence alignment is useful for determining evolutionary relationships of protein, and forecasting the biological function.This paper introduces some protein sequence alignment methods which are widely used, and their characteristics are summarized. Then profile method is described. A... 【关键词】比对 蛋白质序列 精确度 【英文关键词】Alignment Protein Sequence Accuracy 【目录】基于谱的蛋白质序列比对方法研究 摘要 3-4 Abstract 4 第一章 绪论 7-13 1.1 背景介绍 7-9 1.2 研究现状 9-11 1.3 本文工作 11-13 第二章 相关算法 13-17 2.1 现有算法概述 13-14 2.2 BLAST算法 14-15 2.2.1 BLAST概述 14 2.2.2 计算过程 14-15 2.3 其他算法 15-16 2.3.1 FASTA算法 15-16 2.3.2 隐马尔可夫模型 16 2.4 本章小结 16-17 第三章 谱方法 17-33 3.1 蛋白质序列的谱 17-21 3.1.1 谱方法的思路 17-18 3.1.2 得分矩阵 18-19 3.1.3 计算谱的几种方法 19-21 3.2 GRIBSKOV的谱方法 21-23 3.2.1 Gribskov谱的计算 21-22 3.2.2 计算Dayhoff矩阵 22-23 3.3 改进的谱方法 23-25 3.3.1 Henikoff的谱方法 23-24 3.3.2 谱方法的步骤 24-25 3.4 构造探测序列集合 25 3.5 计算谱 25-28 3.6 计算关系矩阵 28-30 3.6.1 比较谱的几种方法 28-29 3.6.2 计算关系矩阵 29-30 3.7 计算比对结果 30-32 3.7.1 空位罚分函数 30-31 3.7.2 初始化矩阵 31 3.7.3 计算路径矩阵 31-32 3.8 本章小结 32-33 第四章 对谱方法运算时间的优化 33-37 4.1 并行计算序列的谱 33-35 4.1.1 并行计算平台 33 4.1.2 并行计算谱 33-35 4.2 矩阵计算中的优化 35-37 第五章 实验结果分析 37-43 5.1 比对结果 37-38 5.2 比对精确度的评价标准 38-39 5.3 对实验结果的分析 39-43 第六章 总结与展望 43-45 致谢 45-47 参考文献 47-51 研究成果 51