linux集群中MPI的并行计算环境简单配置.docVIP

/n4253.html 一、集群和Linux上的集群解决方案 集群计算机是指用一组联网的PC或工作站来搭建成的，提供比单个PC（节点）计算性能高得多的计算机。说其是计算机，其实是针对所提供出来的服务而言的，或者说是逻辑上来说的。集群计算机的主要优势就是成本，相同的计算能力下，其成本只有传统大型机的十分之一，在全球计算机TOP500中，集群计算机的比重越来越大，近两年的比重超过了80%。特别是对中小企事业应用，实验研究和教学有很大的竞争力。 集群系统(Cluster)主要解决下面几个问题： 1．高可靠性（HA）。利用集群管理软件，当主服务器故障时，备份服务器能够自动接管主服务器的工作，并及时切换过去，以实现对用户的不间断服务。 2．高性能计算（HP）。充分利用集群中的每一台计算机的资源，实现复杂运算的并行处理，通常用于科学计算领域，比如基因分析，物理与化学分析等。 3．负载平衡。即把负载压力根据某种算法合理分配到集群中的每一台计算机上，以减轻主服务器的压力，降低对主服务器的硬件和软件要求。 在实际应用中，最常见的情况是利用集群解决负载平衡问题，比如用于提供WWW服务。在这里主要展示如何使用LVS(Linux Virtial Server)来实现实用的WWW负载平衡集群系统 关于集群计算机的操作系统，在TOP500中现在主要的操作系统都有身影，但是应用最多的是LINUX操作系统。这首先利益于LINUX的开放源代码，使得其有很高的可制定性，可以根据不同的硬件和应用环境作出相应的修改，其次，LINUX也有很高的稳定性，而且不乏商业支持。 为了降低程序开发的难度和提高程序的可移植性，目前基于LINUX的集群计算环境主要是通过配置MPI（Message Passing Interface）环境可实现的。这也是目前比较成熟的应用模式。因此，本文主要讲解LINUX下的集群环境配置的要求和MPI的配置。 LINUX集群环境的配置主要有以下几个部分： !--[if !supportLists]--1． !--[endif]--MPI并行计算环境的安装和配置 !--[if !supportLists]--2． !--[endif]--计算节点之间的无密码访问 !--[if !supportLists]--3． !--[endif]--NFS共享文件系统的配置 // 注:在集群配置过程中,MPI运行环境的安装和配置是必要的，至于计算节点之间的无密码访问和NFS共享，则是在运算效率和文件管理上对高性能计算提出的要求。一般来说，只要具有MPI运行环境可以运算并行计算。 二、linux集群中MPI的并行计算环境的简单配置 MPI的安装及简单测试 MPI有多种实现版本，如MPICH， CHIMP以及OPENMPI。其中MPICH是一种最重要的MPI实现，它可以从网上免费获得Linux和Windows版本。它的开发和MPI规范的制定是同步的，因此最能反映MPI的变化和发展，MPICH由此成为实现MPI的最成熟和最广泛使用的版本。本文安装的MPI软版本为MPICH-1.2.6。 安装步骤： 1、从网上下载MPICH压缩包（mpich.tar.gz） 2、解压：# tar zxvf mpich.tar.gz 3、进入解压后的目录： # cd mpich-1.2.6 4、配置： # ./configure –prefix=/usr/local/mpich 其中/usr/local/mpich为软件所安装的目录 5、编译 # make 6、安装 # make install 7、配置该软件的用户搜索路径 Root 用户下：修改/etc/profile 加入 PATH=$PATH:/usr/local/mpich/bin MANPATH=$MANPATH:/usr/local/mpich/man Export PATH MANPATH 普通用户下：修改~/.bash_profile 加入 export PATH=$PATH:/usr/local/mpich/bin 8、修改/usr/local/mpich/share/machines.LINUX文件，加入集群中可以用来做并行计算的主机名(八节点集群为例) 加入的内容为： Local:4 Node11:4 Node22:4 （注：冒号后为节点的CPU数或者内核数） 9、MPI环境的简单测试 在服务器节点上，以mpich 自带的计算PI值的并行计算程序cpi对所搭建的集群环境做简单的测试。 步骤： 在/usr/local/mpich/example目录下 （1） 编译 # make cpi （2） 启动并行计算 # mpirun –np N cpi (其