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一、聚合酶链式反应(PCR)
聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR):是一种体外酶促扩增特定DNA片段的技术,即将微量的DNA进行成倍扩增。
二、典型的PCR包括许多循环,每个循环包括三个步骤:
(1)高温变性模板使之成为单链,95℃约1min;
(2)低温使引物与单链模板退火(复性)55℃左右;
(3)中温使引物沿模板延伸,75℃左右
每完成一个循环需2~4分钟,2~3小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。
耐热DNA聚合酶-Taq酶
耐热DNA聚合酶-Taq酶的发现对于PCR的应用有里程碑的意义,该酶可以耐受90℃以上的高温而不失活,不需要每个循环加酶,使PCR技术变得非常简捷、同时也大大降低了成本。
三、PCR反应体系:
反应缓冲液(10×PCR Buffer)
脱氧核苷三磷酸底物(dNTP mix)
耐热DNA聚合酶(Taq酶,可耐受95度左右高温)
寡聚核苷酸引物(Primer1,Primer2,约20个核苷酸,与目的DNA两侧的区域互补)
靶序列(DNA模板)五部分组成。
我的实验:
1.得到基因全长序列
2.设计引物
引物设计软件
Primer Premier5.0
“Premier”的主要功能分四大块,其中有三种功能比较常用,即引物设计、限制性内切酶位点分析和DNA 基元(motif)查找。“Premier”还具有同源性分析功能,但并非其特长,在此略过。此外,该软件还有一些特殊功能,其中最重要的是设计简并引物,另外还有序列“朗读”、DNA 与蛋白序列的互换等。
引物设计要求:
1.引物长度:15-30bp,常用为20-24bp左右。可以保证基因的特异性 。
2.GC含量,一般引物序列中G+C含量一般为40%~60%,一对引物的GC含量和Tm值应该协调。
3.引物自身及引物之间不应存在互补序列
引物自身不应存在互补序列,否则引物自身会折叠成发夹结构(Hairpin)使引物本身复性。这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。
4.Tm=58-60度
退火温度决定了基因扩增的特异性,如温度太高,则有可能得不到目的基因,若太低,则可以出现多条杂带。
5.引物的5‘端可以修饰。如附加限制酶位点,引入突变位点,用生物素、荧光物质、地高辛标记,加入其它短序列,包括起始密码子、终止密码子等。
6.碱基础随机分布
引物中四种碱基的分布最好是随机的,不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不应超过3个连续的G或C,因这样会使引物在G+C富集序列区错误引发。
7. 密码子的简并
如扩增编码区域,引物3′端不要终止于密码子的第3位,因密码子的第3位易发生简并,会影响扩增特异性与效率。
设计好引物送到公司合成
一般在3-5天引物就可以合成
稀释引物
稀释引物,一般先配成储存液(100μM),再吸取一部分配成工作液(10μM),分装成小管。这样的好处是引物不容易降解。最好多分装些,每管用尽量少的次数,是避免污染导致实验失败。
引物的保存
(1)未稀释的引物干粉很稳定,放置于-20℃可 以保存1年。
(2)储存液(100μM)放置于-20℃也可以长期保存.
(3)工作液(10μM)短期内经常使用(1-2 周),可放置在4℃下保存,长期保存请放置于-20℃。
PCR反应体系:
ddH2O: 23.5μl
Bufffer: 10μl
dNTP(2.5mM) : 4μl
Primer1(2μM) : 5μl
Primer2(2μM) : 5μl
酶: 0.5μl
模板: 2μl
总体系: 50μl
PCR操作中需注意的事项:
1 尽量保证核酸纯净并控制浓度:浓度太低模板量不足,浓度太高杂质含量也就高,易影响Taq酶活性。 2 操作尽量在冰上 。
3.避免交叉污染——勤换枪头和高压枪头和PCR管。
4.引物和模板和体系所加的比例要合适,模板过量会抑制体系的反应。
5.吸取试剂前不必每次都混匀,离心是为了把粘在壁上和盖上的试剂离下来。不离也没关系,可以直接用枪头吸。但是配制的时候需要充分混匀,比如溶解引物,需要先混匀再分装。
PCR仪反应程序:
98℃ 1min
98℃ 10S
Tm 10S
72℃ t(1min扩增1Kb)
72℃ 5min
补充延伸
如果是循环结束后的5~10分钟终延伸,它的作用实际上是起到一个补偿作用,有时候你循环过程中的
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