利用高通量测序技术探究猪不同发育阶段的microRNA转录组.pdfVIP

第一篇遗传育种 利用高通量测序技术研究猪不同发育阶段的 microRNA转录组水 罗宗刚 官久强 王 涛 李明洲 李学伟 (四川农业大学动物科技学院动物遗传育种研究所四川，雅安625014) 摘 要microRNAs(miRNAs)是一类在生物体内新近发现的长度约为22nt左右的非编码单链 RNA，它在转录后水平对基因功能发挥调控作用。猪是人类重要的动物蛋白来源和生物医学模型，和其 他模式动物相比，猪的miRNA组学研究明显滞后。本研究利用高通量测序技术对30胚龄到180日龄间的 10个发育阶段的混合组织小RNA文库进行了测定。基于已知的哺乳动物的miRNAs序列信息，猪的全基 因组序列(Scrota9，April 究提供了宝贵基础数据。 关键词猪；miRNA；高通量测序 microRNAs(miRNAs)是一类在生物体内新近发现的长度为22nt左右的非编码单链RNA，由具有发 miRBase 序技术对猪10个发育阶段的小RNA进行深度测序，发掘猪不同发育阶段的miRNA表达谱，为进一步研究 猪的miRNA功能奠定基础。 l材料与方法 本试验采用了10个发育阶段的雄陛荣昌猪和雌性荣昌猪各3头，包括出生前的6个阶段(即30胚龄、 Genome 照厂家推荐程序用Illumina GA—I对10个小RNA文库分别测序。测序结果采用本课题 Analyzer 基金资助 通讯作者：李学伟教授，lixuewei9125@126．corn ONE 已发表：2010年7月PLoS5(7) 7 四川省畜牧兽医学会2010年学术年会 录号GSEl7885)。 2结果与分析 2．1测序结果 测序结果通过长度、拷贝数和其余类型RNA序列过滤后发现：测序得到的序列长度大多位于20～ 度变化在其它物种高通量测序结果中也被反复发现，这些变化主要是酶的修饰作用(RNA编辑、3’编辑、 核酸外切酶活性)引起。 ． 2．2发现的miRNA 与miRBase提供的参考序列相比，本研究所测得的序列在5’和3’端的均存在变异，产生了多个成熟 达丰度最高的isomiR选为报道序列。 测序得到的猪miRNA序列可分为5类： 1)60个已知的猪miRNA，其中29个有相应的miRNA*，且都具有基因组的位置； 比对到猪的基因组或EST序列中，表示为PN(a)类； 4)21 能比对到猪的基因组或EST序列中，表示为PN(b)类； 因组或EST上找到相应坐标，且可以在该位置形成合格的发夹结构，表示为PC类。 conserved miRNA(mammalian 哺乳动物中保守的miRNA高达286个。 图1出生前后表达的miRNA种类图 8 第一篇遗传育种 2．3猪miRNA的染色体分布 图2可知，最短的18号染色体(O．05 Bbp)编码了 Bbp)编码了20个miRNA前体，而最长的1号染色体(O．3 编码前体数目在19对染色体中位列第二。 目 E 酉 2 ～屠嗣国， ～冒圜目。 营国营～目国国雷。～国口目目日” ～营目圄目．～垦目目国¨ ～目目目。～目冒国侣 ～目国罾目。～垦仙 ～曰宦仃 ～圉目协 ～冒邑国目。～目冒罾皂。