磁珠富集法筛选日本沼虾微卫星序列.pdfVIP

磁珠富集法筛选日本沼虾微卫星序列 李法君1傅洪拓1,2乔慧1李明爽1 1.南京农业大学 无锡渔业学院，江苏无锡214081 2.中国水产科学研究院 淡水渔业研究中心，农业部水生 动物遗传育种和养殖生物学重点开放试验室，江苏无锡214081 摘要：采用磁珠富集法筛选日本沼虾微 （Macrobrachiumnipponensis）卫星序列。总计获得了95 个阳性克隆，78个克隆含有微卫星序列，其中完美型47个，占60.2％，不完美型25个，占 32.0％，混合型6个，占7.69％；除了探针使用的AG重复单元之外，还出现了GT、ATG、GAA、 TCT的重复序列。微卫星的重复次数主要集中于5～30次之间，占78.2％，最高重复次数为66 次。在分析侧翼序列的基础上，设计了15对微卫星引物，经PCR筛选，其中9对在群体中具有 多态性。本研究填补了日本沼虾微卫星标记开发方面的空白，为开展日本沼虾遗传学研究和 品种改良提供了新的分子标记。 关键词：日本沼虾；微卫星；磁珠富集 Identificationofmicrosatellitelocibymagneticbeadenrichment methodinMacrobrachiumnipponensis LIFa-jun1 FUHong-tuo1,2QIAOHui1LIMing-shuang1 1.WuxiFisheryCollege,NanjingAgriculturalUniversity,Wuxi214081,China;2.FreshwaterFisheryResearch Center,ChineseAcademyofFisherySciences,KeyOpenLaboratoryforGeneticBreedingofAquaticAnimalsandAq uacultureBiology,MinistryofAgriculture,Wuxi214081,China Abstract:Microsatellite-enrichedgenomiclibraryofMacrobrachiumnipponensiswasconstructedusing anenrichmentmethodbasedonmagneticbeadhybridizationselection.Thepositiveclonescontaining microsatellitesequenceswerescreenedbythePCRtechnique.95positivecloneswereselectedand sequenced,ofwhich78clonescontainedmicrosatellites.Themicrosatellitesequencescouldbecate gorizedstructurallyasfollows:perfect(60.2％ ),imperfect(32.0％ ),andcompound(7.69％).Be sidesthemotifofAGcontainedintheoligoprobe,wealsofoundGT,ATG,GAA,TCTrepeats.Among themicrosatelliterepeats,relativelyshortarrays(5-30repeats)weremostabundant(78.2％),and thelargestarraycontained66repeats.Inaddition,15pairsofprimersweredesignedandscreened. Ninewerepolymorphismwithinspecies.Thisstudyprovidesausefultoolformolecularbreedingand assessmentofgeneticresourcesofM.nipponensis. Keywords:Macrobrachiumnipponensis;microsatellite;enrichmentwithmagneticbeads J‘．V， “，1阢口芏” （在10次以上的占． 个，占32.0%；混合 ；态性分析见表4。 个微卫星位点的遗传多态- 三l且^^’丌J也J、1了I1 补 了 日本沼虾微] 己。 f究，海洋水产 ．星识别．海洋j 虾家系标识q