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3、利用SNP芯片筛选抗PRRS基因 3.1 功能基因SNP芯片—（Case-Control Study） NDUFS4—NADH脱氢酶铁硫蛋白4，NADH 泛醌还原酶, 生物氧化过程中大多数脱氢酶的辅酶。 参与构成：线粒体内膜、线粒体呼吸连复合物Ⅰ 参与的代谢过程：调节蛋白的磷酸化、电子传递连、 线粒体呼吸连复合物Ⅰ的组装 细胞呼吸、活性氧的代谢 3、利用SNP芯片筛选抗PRRS基因 3.2 猪60K SNP芯片— （Family-based association for disease traits） 47 vs 49 大白母猪 显著相关（P 1×10-2）：3个 Illumina SNP Platform CXCL12 IL10 IL12RB2 3、利用SNP芯片筛选抗PRRS基因 3.3 主效候选基因 CD169: 唾液酸黏附素；位于猪肺泡巨噬细胞表面；粘附PRRSV。CD163: 清道夫受体家族的一员；跨膜蛋白；粘附和内吞PRRSV并协助病毒复制。IFNγR：干扰素γ受体；干扰素γ与之结合后，激活机体的免疫反应。GBP2： 鸟苷酸结合蛋白2；干扰素γ诱导蛋白增强其他细胞因子的抗病毒功能。Mx1: 与猪流感病毒结合，阻止病毒增殖。DUSP1: 双特异性磷酸酶1；抑制活性氧自由基的生成减少细胞代谢过程中产生 的活性氧的危害。FUT1: 岩藻糖基转移酶；调节大肠杆菌F18受体的表达。CXCL12:基质细胞衍生因子1；在多种肿瘤的发生和器官特异性转移中发挥着重  要的作用。EHMT2：常染色质组蛋白赖氨酸甲基化转移酶2；在基因表达调控、X染色体失活 、基因组印迹、DNA修补中 起到重要作用。 3、利用SNP芯片筛选抗PRRS基因 3.3 主效候选基因 基因 SNP genotype P-value CD169 C/A AA 0.0001 CD163 A/G AA 0.0001 IFNγR T/G TT 0.0001 GBP2 A/G AA 0.003 DUSP1 T/C CC 0.001 Chr18_AKR1D1_1 A/C AA 0.0001 FUT1 G/A GG 0.02 CXCL12 C/G CG 0.02 EHMT2 G/T GG 0.006 Chr4_HSD3B_1 G/A GG 0.0001 Mx1 A/G GG 0.025 3、利用SNP芯片筛选抗PRRS基因 3.3 主效候选基因 猪CXCL12基因BsmAI变异位点基因型频率和基因频率及其与发病相对危险度关联分析 0.656 0.615 0.679 0.644 G 0.344 0.385 0.321 0.356 C 1（参考值） 0.374（6） 0.328（37） 0.473（62） 0.441（78） GG 0.0235 0.652（0.451-0.944） 0.563（9） 0.575（65） 0.412（54） 0.407（72） GC 0.4358 1.254（0.709-2.217） 0.063（1） 0.097（11） 0.115（15） 0.153（27） CC P 值 OR（95%CI） 死亡猪 频率/样本数 严重发病猪频率/样本数 康复猪 频率/样本数 健康猪 频率/样本数 基因型 3、利用SNP芯片筛选抗PRRS基因 3.3 主效候选基因 CXCL12-BsmAI位点多态性和免疫指标的关联分析 0.11±0.02 45.74±4.35 0.65±0.12 GG 0.13±0.02 49.28±4.15 0.54±0.12 CG 0.12±0.02 47.83±4.20 0.64±0.12 CC 32日龄免疫 指标测定值 0.07±0.01b 57.66±4.61 0.99±0.18 GG 0.08±0.01a 56.33±4.43 0.97±0.17 CG 0.07±0.01ab 57.53±4.47 0.96±0.17 CC 17日龄免疫 指标测定值 0.10±0.04 72.73±5.02 1.19±0.18 GG 0.09±0.04 70.66±4.83 1.20±0.17 CG 0.09±0.04 72.49±4.88 1.25±0.17 CC 0日龄免疫 指标测定值 伪狂犬抗体 猪瘟抗体 PRRS抗体 基因型 Back3 4、探讨猪不同品种存在抗病性能差异的遗传机理 4.1分析miRNA差异表达，筛选抗PRRS相关 miRNA miRNA差异表达分析---Reads质量 4.1 分析miRNA差异表达，筛选抗PRRS相关 miRNA C0?