云平台下基因-基因相互作用识别算法.pdfVIP

第 52卷 第 3期 吉 林 大 学 学 报 (理 学 版 ) VoI|52 NO．3 2Ol4年 5月 JournalofJilinUniversity(ScienceEdition) M ay 2014 doi：10．13413／j．cnki．jdxblxb．2014．03．26 云平台下基 因一基 因相互作用识别算法 刘桂霞，李广力，李 涵 (吉林大学 计算机科学与技术学 院，长春 130012) 摘要：针对现有 的快速方差分析算法进行并行可扩展性改进，设计一种高效的并行计算模 型，并提 出一种基于 MapReduce模 型的基 因一基 因相互作用识别算法—— MR—ANOVA 算 法．该算法有效解决 了现有基因一基 因相互作用识别算法在海量数据规模下普遍存在计算复 杂度过高的问题．实验结果表明，该算法充分利用 了云平 台的并行计算能力，随着数据量 的 增大，加速比逐渐接近于集群数量，可高效准确地完成基 因一基因相互作用的识别． 关键词 ：基 因一基因相互作用；MapReduce模型；云计算 中图分类号：TP311．1 文献标志码 ：A 文章编号 ：1671—5489(2014)03—0546—05 Algorithr~ forDetectingGene-GeneInteractionsBasedonCloudPlatform IIU Guixia。LIGuangli，LIHan (CollegeJ『 ，ComputerS(’ienceandTechnology，JilinUniversity，Changchun130012，China) ． Abstract：Theauthorsproposedanoptim izedalgorithm fordetectinggene～geneinteractionsbasedon M apRly，MR—ANOVA．Compared with thetraditionalFastANOVA algorithm ， thisalgorithm puts forward the concept of parallelprocessing during which an efficient parallel computing model is used． This improvement can make the problem of high computational complexitieswith the large—scale data ofthe existing algorithmssolved． Analyzingresultsof the experiment，wecandraw thefollowingconclusion：MR—ANOVA algorithm canmakethebestuseof thepromising powerofparallelism computation of the cloud platform．Asthe scaleofthe data becomeslarger，thespeedupismoreclosetothenumberofclusters．Thus，thisoptim izedalgorithm candetectepistaticinteractionmoreefficiently． Keywords：gene—geneinteraction；M apReducemodel；cloudcomputing 全基因组关联研究 (genome—wideassociationstudies，GWAS)是在