分子力学和分子动力学总结-91.pptVIP

分子力学和分子动力学的模型、算法和应用 总结 与 讨论 学习目标 了解计算化学的主要方法和基本概念 能够读懂相关领域的文献，了解常见分子模拟软件及使用 掌握基本的计算化学研究思路和方法。 了解分子模拟能干什么，我们可以作那些工作，作到什么精度，为在自己的研究领域开展分子模拟方面的研究打一个基础。 分子模拟的双重性质 系综 系综（ensemble）代表一大群相类似的体系的集合。对一类相同性质的体系，其微观状态（比如每个粒子的位置和速度）仍然可以大不相同。（实际上，对于一个宏观体系，所有可能的微观状态数是天文数字。） 统计物理的一个基本假设（各态历经假设）是：对于一个处于平衡的体系，物理量的时间平均，等于对对应系综里所有体系进行平均的结果。 体系的平衡态的物理性质可以对不同的微观状态求和来得到。系综的概念是由约西亚·威拉德·吉布斯（J. Willard Gibbs）在1878年提出的。 常用系综 微正则系综 (microcanonical ensemble) 正则系综 (canonical ensemble) 巨正则系综 (grand canonical ensemble) 等温等压系综 (isothermal-isobaric ensemble) 常用系综 微正则系综 (microcanonical ensemble)：系综里的每个体系具有相同的能量（通常每个体系的粒子数和体积也是相同的）。 正则系综 (canonical ensemble)：系综里的每个体系都可以和其他体系交换能量（每个体系的粒子数和体积仍然是固定且相同的），但是系综里所有体系的能量总和是固定的。系综内各体系有相同的温度。 巨正则系综 (grand canonical ensemble)：正则系综的推广，每个体系都可以和其他体系交换能量和粒子，但系综内各体系的能量总和以及粒子数总和都是固定的。（系综内各体系的体积相同。）系综内各个体系有相同的温度和化学势。 等温等压系综 (isothermal-isobaric ensemble)：正则系综的推广，体系间可交换能量和体积，但能量总和以及体积总和都是固定的。（系综内各体系有相同的粒子数。）正如它的名字，系综内各个体系有相同的温度和压强。 分子动力学方法工作框图 程序构成方式 ① 输入指定运算条件的参数（初始温度，粒子数，密度，时间步长） ； ② 体系初始化（选定初始坐标和初始速度） ； ③ 计算作用在所有粒子上的力； ④ 解牛顿运动方程（第③ 和第④ 步构成了模拟的核心，重复这两步，直到体系的演化到指 定的时间） ； ⑤ 计算并输出物理量的平均值，完成模拟。 积分算法优劣的判据 分子动力学中一个好的积分算法的判据主要包括： ① 计算速度快； ② 需要较小的计算机内存； ③ 允许使用较长的时间步长； ④ 表现出较好的能量守恒。 分子动力学的适用范围 分子动力学方法只考虑多体系统中原子核的运动，而电子的运动不予考虑，量子效应忽略。经典近似在很宽的材料体系都较精确；但对于涉及电荷重新分布的化学反应、键的形成与 断裂、解离、极化以及金属离子的化学键都不适用，此时需要使用量子力学方法。经典分子动 力学方法（MD）也不适用于低温，因为量子物理给出的离散能级之间的能隙比体系的热能大， 体系被限制在一个或几个低能态中。当温度升高或与运动相关的频率降低（有较长的时间标 度）时，离散的能级描述变得不重要，在这样的条件下，更高的能级可以用热激发描述。 电子运动具有更高的特征频率，必须用量子力学以及量子／经典理论联合处理。这些技术近年来取得了很大进步。在这些方法中，体系中化学反应部分用量子理论处理，而其他部分用经典模型处理。QM/MM 分子力学、分子动力学方法及其应用 Molecular Mechanics / Molecular Dynamics 一、 MM、MD理论基础 二、 MM、MD计算程序 三、 MM、MD方法的应用 一、 MM、MD基础理论 原则上, 第一原理方法在理论上已经能解决所有问题 但计算量太大，计算机资源有限，原子数目较多时，如高分子、蛋白质、原子簇以及研究表面问题、功能材料或材料的力学性能等，实际上难以完成计算 为此，发展了分子力学(Molecular Mechanics, MM)与分子动力学(Molecular Dynamics, MD)方法 它们的应用，又称分子模拟(molecular simulation, molecular modeling) 或 分子设计(molecular design) MM与MD是经典力学方法，针对的最小结构单元不再是电子而是原子 因原子的质量比电子大很多，量子效应不明显，可近似用经典力学方法处理 20 世纪 30 年代, Andrews 最