全基因组表达谱芯片分析鸡热应激反应.pdfVIP

·14· 第一部分 统计遗传学、数量遗传学和生物信息学 全基因组表达谱芯片分析鸡的热应激反应 孙红艳1，赵好娟1，许生友2，姜润深2，曲鲁江1 (1．中国农业大学动物科技学院，北京 100193； 2．安徽农业大学动物科技学院，安徽舍肥230036) 引言 随着全球化温度的逐渐升高及养鸡模式的集约化、规模化，热应激现象也越来越严重。国内外学者对鸡的热应 激反应展开了多方面的研究如热应激对血液生化指标的影响、对家禽生产性能的影响、对家禽免疫机能的影响以 及热应激下热休克蛋白的作用机制等。但下丘脑作为控制神经的中枢很少用来研究鸡的热应激反应。本实验以鸡 的下丘脑为实验材料，用全基因组表达谱芯片从基因水平上分析鸡的热应激反应，来研究鸡的热应激反应机制，筛 选出鸡耐热候选基因。这对热环境下防止和缓解鸡的热应激的产生及生产实践具有深远的意义。 材料与方法 选取56日龄体重相近的黄羽肉鸡母鸡共12只，分为3组且每组4只母鸡。3组试验鸡的饲养管理条件均一 致，正常通风，自由采食与饮水。试验初期三组鸡的室内饲养温度控制在25+1℃。在25±1℃时，处死第一组鸡取下 丘脑。第二、三组鸡的饲养温度升至34+1℃，持续24小时，处死第二组鸡取下丘脑。第三组鸡的饲养温度降至 7安捷伦全基因组表达谱芯片，使用单色标记。芯片设计为三组鸡进行两两比较即第二组与第一组、第二组与第三组 以及第三组与第一组。芯片中差异基因的统计使用的是R语言程序包，用DAVDE网站对差异基因进行Go分析， 最后用实时荧光定量PCR．的方法来验证芯片结果。 结果 当差异倍数控制在大于1．5并且P值小于0．05时，第二组和第一组比较中的下调差异表达基因为582个，上 调差异表达基因为624个；第二组和第三组的比较中下调差异表达基因为407个，上调差异表达基因为589个；第 三组和第一组的比较中下调差异表达基因为147个，上调差异表达基因为189个。主成分分析的结果显示第二组 中的四个样本具有很大的不均一性，样本被分布在不同区域。第一组和第三组的样本都比较均一。GO富集分析 中，第二组和第一组的比较中基因聚成12类；第二组和第三组的比较中基因聚成13类；第三组和第一组的比较中 基因聚成3类。实时荧光定量PCR．验证了11个基因，验证的结果与芯片结果基本一致。 讨论与结论 实验结果显示不同的比较组中具有特异性的表达模式。在鸡的热应激反应过程中，有多个热应激蛋自家族基 因的表达发生了差异变化，其中有上调的趋势也有下调的趋势。结合已有的文献报道．初步认为细胞粘连分子反 基因。 关键词：鸡；基因芯片；热应激；下丘脑 支持。