关于RNA-Seq分析杨梅果实成熟后期品质变化机制.pdfVIP

园艺学报2011，38(增刊)：2509 http：／／强唧帆ahs．ac．cn ActaHorticulturaeSinica 26．corn E-mail：yuanyixuebao@1 基于RNA—Seq分析杨梅果实成熟后期品质变化 机制 冯超，徐昌杰，李鲜，陈昆松。 (浙江大学果实品质生物学实验室，农业部园艺植物生长发育与品质改良重点开放实验室，杭州310058) 杨梅果实成熟后期(即转色期到完熟期)在颜色、口感等方面发生显著变化，然而现有研究大 多停留在生理分析层面，序列信息的匮乏严重限制了分子机制的探讨。本研究中应用高通量 RNA—Seq技术，结合运用生物信息学手段，探究果实成熟品质变化的相关分子机制，为果实品质调 控提供理论依据。 ‘荸荠’杨梅茎、叶、芽、花和果实等组织采自浙江余姚。果实品质指标采用常规方法分析， d， 为茎、叶、芽、花和幼果等的不同组织混合库，MR2一MR4分别为不同成熟度果实库(花后75 转色期：花后80d，红熟期；花后85d，完熟期)，文库后续处理及测序工作委托深圳华大基因研 大类(上调、下调和波动变化)，并对上调基因和下调基因进行GO分类比较分析。基于Ipath对杨 梅果实成熟后期整体代谢基因表达情况进行宏观分析，同时对色泽、糖酸相关品质代谢途径展开深 入研究。 239条平均长度为53l RNA．Seq获得了41 到注释。确定了31665条编码序列的区段和方向，其中14 172条成功注释到KEGG的125个代谢 图上，发现了S／W途径是杨梅果实维生素C生物合成的最主要或唯一途径。9509条UniGenes在 COG中找到了同源序列，其中15．3％与信号转导或转录调控相关，高于番茄中的对应比例，揭示杨 梅果实成熟后期经历了更为复杂的调控过程。超过3600条UniGenes在果实成熟后期差异表达，其 中826、l407条UniGenes分别呈上调及下调模式。GO统计分析表明在果实成熟过程中能量相关代 谢强化，催化活性增强。lpath网络分析显示了杨梅果实成熟后期的动态变化，发现磷酸戊糖途径等 能量代谢相关途径基因表达量增加。综合Ipath整体代谢网络及色泽、糖、酸品质代谢途径UniGenes 表达量情况，结合生理指标变化，发现花青苷代谢途径基因均呈上调模式，与成熟后期颜色变化相 一致；蔗糖磷酸合成酶(SPS)、谷氨酸脱羧酶(GAD)可能在果实糖分积累和有机酸降解过程中起 重要作用。 关键词t杨梅l深度测序；维生素C：代谢网络；花青苷；糖；有机酸 中田分类号lS667．6 文献标识码lA 文章编号l0513．353X(2011)S．2509．01 收穑日期t201l—09一14 学校博士点基金项目(20090101110099) ’通信作者(E-maih Teh0571 aXun@zju．odII．∞I