利用系统发生足迹技术寻找巴西固氮螺菌基因组上的功能特征——基于客户%2f服务器模式的多机并行实现.pdfVIP

利用系统发生足迹技术寻找巴西固氮螺菌基因组上 的功能特征 基于客户/服务器模式的多机并行实现 姜 平 （山东工商学院信息与电子工程学院, 山东 烟台264005 ） 摘 要： 巴西固氮螺菌是重要的植物促生内生菌之一。为了研究其未知基因，在巴西固氮螺菌和与其同源 的五个菌种之间进行系统发生足迹研究。由于单机任务执行的串行性，效率较低。研究发现，整个过程包 含了大量重复的、没有数据依赖的操作，如文本信息的提取，DNA 序列的比较等。因此，提出了局域网环 境下基于客户机/服务器模式的多机并行实现的思路。在充分利用资源的同时，显著提高了效率。 关键词： 巴西固氮螺菌； 同源； 系统发生足迹； 客户/服务器模式； 并行 Finding Functional Features on Azospirillum Brasilense Genomes by Phylogenetic Footprinting --Parallel Realization Based on Client/Server Mode JIANG Ping (School of electronics information engineering, ShanDong Institute of Business and Technology, YanTai Shandong 264005, China ) Abstract: Azospirillum brasilense(A.. brasilense) is considered to be important plant-growth promoting bacterium. In order to study its unknown genes, phylogenetic footprinting was performed on it and its five orthologous strains. Because of serial implementation by single computer, the efficiency is low. Research shows that the whole process consists of lots of repeated, data-independency operations, e.g. the extraction of text information, the comparison of DNA sequences etc. Under LAN environment, a parallel way for implementing phylogenetic footprinting by multiple computers based on Client/Server mode was proposed. While making full use of resources, the efficiency is increased remarkably. Key words: Azospirillum brasilense; Orthologous; Phylogenetic Footprinting; Client/Server Mode; Parallel 在巴西固氮螺菌的sp7 菌株里，发现了 1 引言 两个质体，分子量分别为 115 MDa (p115) 1．1 巴西固氮螺菌 和90 MDa (p90) 。 实验表明：p115 质体会 自发地从细菌细胞中消失，并且与原生型 巴西固氮螺菌(Azospirillum brasilence)