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DNA计算在二次分配问题中的应用研究 吕聪颖 赵刚彬 邵艳玲 郑珂 吕冠廷 （吉林大学计算机科学与技术学院，长春 130012） E-mail: lvcongying0601@126.com 摘要：DNA计算（DNA computing）是一种新的计算方法，其高度并行性和巨大的信息存储能 力为NP－完全问题的解决提供了一种全新的方法。本文采用了该算法去解决二次分配问题 （QAP），构造了该问题的表达方法，建立了该问题的算法模型。本文应用DNA计算的方法去 解决QAP问题是一种崭新的尝试，它对于我们将DNA计算的方法应用于组合优化问题无疑具 有启发性，并为我们进一步深入研究奠定了基础。 关键字：DNA计算、二次分配问题、凝胶电泳、聚合酶链式反应、亲和纯化 中图分类号：TP31 文献标识码：A 文章编号： The Research of DNA Algorithm for QAP Congying LV，Zhezhou YU，Chunguang Zhou，Kangping Wang，Wei Pang (Institute of Computer Science and Technology, Jilin University, Changchun 130012, P.R.China) Abstract：In this paper，we give a brief description of the realization methods of DNA computing ,and then use a DNA computing to solve the quadratic assignment problem，and propose a novel presentation for the problem and found a model of the computing. It’s a kind of brand-new try that the paper uses DNA computing to solve QAP problem. It is undoubtedly enlightening to apply the DNA computing to the other combination optimization problems，and it will establish the foundation of further investigation。 Keywords：DNA computing、quadratic assignment problem、Gel Electrophoresis、 polymerase chain reaction、affinity separation引言 二次分配问题[1]（quadratic assignment problem,简称QAP）是一种典型的组合优化问题，已被归入NP－hard问题。该问题的描述如下：给定n个设施和n个地点，要求给每个设施分配一个位置；定义两个n*n矩阵，即A=（fij）和B＝(dij) ,其中fij表示设施i和设施j之间的流量，dij表示地点i和地点j之间的距离。目标是找到一个排序P=(P1, P2,…Pn)使其： Minimize 其中L (i)表示设施i被分配的地点，P∈∏(n)。 目前，该问题已经得到深入的研究，进化策略(evolution strategies) 、遗传算法(genetic algorithms) 、遗传规划 (genetic programming) 、进化规划 (evolutionary programming) 等统称为进化计算[2](evolutionary computation) 的方法以及蚂蚁算法等为该问题的求解提供了独特的思路。 DNA计算[2]是一门新的学科。这门学科主要研究如何利用DNA分子根据Watson-Crick互补配对原则进行极度并行计算的特点去解决人类数学中的问题。目前已验证有大量的问题可以通过DNA计算来解决。最早的，也是最著名的是1994年Science上发表的美国科学家Adleman的七节点Hamilton路径问题的DNA计算解决办法。此外，2001年11月22日Nature杂志上关于威兹曼实验室制造出自动DNA计算机的报道，再一次向世人证明了DNA分子具有强大的计算能力。在先前的研究启示下，本文尝试着用DNA计算的方法去解决QAP问题，它对于我们将DNA计算方法应用于其它的组合优化问题无疑具有启发性，并为我们进一步深入研究奠定了基础。 DNA计算概述 2．1 DNA计算的关键过程 DNA计算解决问题的基本思想[2]：利用D