ENCODE30篇文章摘要集.docVIP

作者：ZinFingerNase来源：生物谷2012-9-8 15:34:53 DNA元件百科全书(Encyclopedia of DNA Elements, ENCODE)项目旨在描述人类基因组中所编码的全部功能性序列元件。它于2003年9月正式启动。来自英国、美国、西班牙、新加坡和日本的32个实验室中442名科学家参与这个项目。9年后的今天，他们在Nature(6篇)、Genome Research(18篇)和Genome Biology(6篇)期刊上发表了30篇论文。 1. 转录因子的足迹分析 对41种不同的细胞和组织类型进行基因组DNase I足迹分析(genomic DNase I footprinting)，研究人员在DNA调节区内鉴定出4500万个转录因子结合事件，从而代表着这些转录因子与840万个不同的短DNA序列元件存在差异性地结合。他们还发现影响等位基因染色质状态的基因变异体集中分布在这些足迹之中，并且这些序列元件优先得到DNA甲基化的保护。他们鉴定出一个固定不变的50个碱基对长的足迹，并且这种足迹精确地确定着上千个人启动子内的转录起始位点。最后，他们描述了一个新的调节因子识别基序集合，其中这些基序在序列和功能上是高度保守的。参见原文(10.1038/nature11212)2. 人基因组DNA元件集成百科全书ENCODE项目系统性地描绘出人基因组上的转录区域、转录因子结合、染色质结构和组蛋白修饰。根据这些数据，研究人员将生化功能分配到80%的人基因组，特别是在已得到很好研究的蛋白编码序列之外的区域。参见原文(10.1038/nature11247)3. 人细胞转录全景图RNA是基因组编码的遗传信息的直接输出。细胞的大部分调节功能都集中在RNA的合成、加工和运输、修饰和翻译之中。研究人员证实，75%的人基因组能够发生转录，并且观察到几乎所有当前已标注的RNA和上千个之前未标注的RNA的表达范围与水平、定位、加工命运、调节区和修饰。总之，这些观察结果表明人们需要重新定义基因的概念。参见原文(10.1038/nature11233)4. 人基因组中可访问的染色质全景图DNase I超敏感位点(DNase I hypersensitive sites, DHSs)是调节性DNA序列的标记物。研究人员通过对125个不同的细胞和组织类型进行全基因组谱分析而鉴定出大约290万个人DHSs，并且首次大范围地绘制出人DHSs图谱。参见原文(10.1038/nature11232)5. 人基因组调控网络结构为了确定人转录调节网络的作用原理，研究人员在450多项基因组实验中研究了119个转录相关因子的结合信息。他们发现转录因子的组合性结合是高度环境特异性的：转录因子的不同组合结合在特异性的基因组位置上。他们对所有的转录因子进行组装而产生一个层次结构，并且将它与其他基因组信息整合在一起而形成一个严密而又庞大的调节性网络。参见原文(10.1038/nature11245)6. 基因启动子的远距离相互作用全景图在ENCODE项目中，研究人员选择1%的基因组作为项目试点区域，并且利用染色体构象捕获碳拷贝(chromosome conformation capture carbon copy, 简称为5C)技术来综合性地分析了这个区域中转录起始位点和远端序列元件之间的相互作用。他们获得GM12878、K562和HeLa-S3细胞的5C图谱。在每个细胞系，他们发现启动子和远端序列元件之间存在1000多个远距离相互作用。参见原文(10.1038/nature11279) 7. 果蝇和人的转录因子结合位点变异分析研究人员将ENCODE项目产生的转录因子结合图谱、他们之前发布的数据以及其他的人和果蝇等基因系中基因组变异数据来源结合在一起，来研究转录因子结合位点(transcription factor binding sites, TFBSs)的变异性。他们引入一种TFBS变异性的衡量标准和依据不断出现的每个人的转录因子结合数据来证实TFBS突变，尤其是在进化保守性位点上发生的那些突变，能够被有效地缓解从而确保转录因子结合水平保持一致性。参见原文(10.1186/gb-2012-13-9-r49) 8. 转录因子TCF7L2通过GATA3结合到基因组上TCF7L2转录因子与很多人类疾病相关联，如II型糖尿病和癌症。研究人员利用高通量测序技术ChIP-seq在6个人细胞系中对TCF7L2进行分析。他们鉴定出11.6万个非冗余性TCF7L2结合位点，但是只有1864 个位点在这6个细胞系中是相同的。他们还证实被H3K4me1和H3K27Ac标记的很多基因组区域也被TCF7L2结合。对细胞类型特异性的TCF7L2结合位点进行生物信息学分析揭示富集多种