白皮松叶绿体DNA单倍型遗传结构冰期避难所硕士论文.docVIP

基于叶绿体基因trnD-T的白皮松分布格局模式和成因研究 生态学， 2011， 硕士 【摘要】 白皮松(Pinus bungeana)隶属于松科(Pinaceae),是我国的特有种,东亚唯一的三叶松,地位特殊。除了建筑家具用材的经济价值外还具有园林绿化的观赏价值。由于历史原因、人为砍伐、自身生理生长特性导致现今的数量急剧下降,分布区表现为零星间断分布。本文拟研究白皮松的现今分布格局模式以及形成的原因,进一步探讨此物种在第四纪冰期的避难所位置和冰期后的迁移路线。基于叶绿体基因在植物谱系地理研究中的优势,选择叶绿体基因trnD-T来进行白皮松天然林地20个居群共200个个体的序列测定。结果共检测到4个变异位点,形成5种单倍型。总的遗传多样性Ht=0.437,平均遗传多样性Hs=0.172,Gst=0.59397,Nst=0.58914,P0.001,显著性不高,缺乏一个明显的谱系结构。SAMOVA的空间遗传结构分析得到K=3时,组间分化达到最大(Fct=0.73366)。同时划分出的三个组和单倍型的地理分布类型非常相似：1、秦岭西南区域；2、吕梁山南部区域；3、秦岭与吕梁山之间的区域。原始单倍型主要分布在前两个区域中,并且那里具有较高水平的单倍型多样性,因此可以推测这两处为白...?更多还原 【Abstract】 Pinus bungeana belonging to the Pinaceae, is the only three-needle pine of East Asian, and an endemic species of China, get a special status. It is of economic and ornamental value. Historical reasons, logging, and physical characteristics lead to sharp decline in current distribution area, and now Pinus bungeana has only small and sparsely distributed populations with limited individual numbers. We are get to study the genetic distribution pattern of pinus bungeana and the reasons, and explore ...?更多还原 【关键词】 白皮松； 叶绿体DNA； 单倍型； 遗传结构； 冰期避难所； 【Key words】 Pinus bungeana； Chloroplast DNA； Hplotypes； Genetic structure； Ice age refugia； 摘要 3-4 Abstract 4 第一章 绪论 7-17 1.1 白皮松的研究背景 7-9 1.1.1 白皮松起源与分布 7-8 1.1.2 系统发育与分类 8 1.1.3 遗传学研究 8-9 1.1.4 种群生态研究 9 1.2 谱系地理学研究概述 9-12 1.3 叶绿体DNA(cpDNA)的特点及其在植物谱系地理研究中的应用进展 12-14 1.3.1 叶绿体DNA(cpDNA)的特点 12-13 1.3.2 叶绿体DNA(cpDNA)在植物谱系地理研究中的应用进展 13-14 1.4 第四纪冰期对生物分布格局和种群遗传结构的影响 14-17 第二章 材料和方法 17-23 2.1 实验材料 17-18 2.2 基因组DNA的提取 18-19 2.3 DNA纯度和浓度检测 19-20 2.3.1 凝胶电泳检测 19-20 2.3.2 紫外吸收法检测 20 2.4 PCR体系和扩增引物的筛选 20-22 2.4.1 PCR体系和反应程序 20 2.4.2 扩增引物的筛选 20-22 2.5 PCR扩增和序列的测定 22 2.6 分析方法 22-23 第三章 实验结果 23-29 3.1 测序结果与比对分析 23-24 3.2 cpDNA单倍型的获得和地理分布 24-27 3.3 遗传多样性 27 3.4 空间遗传结构分析 27-28 3.5 错配分析和中性检验 28-29 第四章 讨论 29-32 4.1 白皮松的