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Affymetrix的基因表达谱有助预测化疗效果.pdf

Affymetrix 的基因表达谱有助预测 化疗效果 同样的化疗,为什么对有些病人的效果就更好一些呢?美国科学家发现了一种基因表达特征,能 预测个体的细胞是否对特定的DNA 损伤试剂敏感。 来自马萨诸塞技术研究所的研究小组用一种 他们聚焦于最敏感和最不敏感的细胞系,比 名为 MNNG 的烷基化试剂筛选了多种白细胞系, 较了两组细胞系的基因表达差异。他们发现了两 来观察与敏感度和耐受性相关的基因表达模式。 组细胞系中有 240 个基因差异表达。 研究人员最终准确定位了 48 个基因,它们的基础 研究人员利用计算模型精确定位出正或负相 表达能预测出 MNNG 诱导的细胞死亡,准确率达 关的差异表达基因,确定了 48 个基因,它们的基 94%,文章发表在《Genes and Development》 础(处理前)表达能预测出 MNNG 敏感度,准确 杂志上。 率在 94% 。 过去的一些研究证实,人类淋巴母细胞(一 接着,研究人员验证了这些结果。他们定量 种永生化的白细胞)的基因表达模式差异很大。 MGMT 和 C21ORF56 两种基因的转录水平,这 但是还不清楚这是否会影响细胞对外界挑战的反 两种基因在 MNNG 抗性细胞中表达量很高。有趣 应。 的是,他们只检测到 MGMT 表达和 MNNG 抗性 在这项研究中,研究人员用 DNA 损伤试剂 的弱正向关联。 MNNG 来筛选细胞。MNNG 能使特定的 DNA 碱 这意味着新的基因表达检测也许比现有的方 基烷基化,导致突变。这种损伤中的一部分可被 法更有效。作者提到:“在预测胶质母细胞瘤的化 DNA 甲基化转移酶MGMT 修复。但是如果没有 疗效果时,MGMT 沉默是现在常用的方法。但我 被修复,DNA 错配修复或 MMR 通路就会靶定损 们的结果表明这 48 个基因的表达水平可能是更 伤的 DNA 碱基,并引发细胞凋亡。 准确的指示剂。” 因此,MGMT 活性较低的细胞有可能对 研究人员还进行了另外的细胞实验和网络分 MNNG 更敏感,而两种通路缺陷的细胞则表现出 析。他们将与烷基化关联的其他基因和通路汇总, 更多的 MNNG 抗性,并积累突变。 生成了一个超过 100 个相关基因的网络。即便如 研究人员使用 Affymetrix 公司的 GeneChip 此,这 48 个基因特征仍是 MNNG 敏感性的最有 Human Genome U133 Plus 2.0 array 来检测 24 力的指示剂。研究小组希望这个发现能最终被临 种人类淋巴母细胞细胞系在 MNNG 处理前后的 床分析的决策者所采信。 基因表达差异。这些细胞系来自健康个体,他们

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