进化树构建方法-MEGA.docVIP

利用MEGA 来构建进化树（molecular evolutionary genetics analysis 分子进化遗传分析） 打开mega5，选择Align----edit/built alignment----create a new alignment—OK 选择DNA/protein 出现新的对话框 Open------选择已经保存好的用clustalx 经过比对保存的以.aln格式的文件 打开之后，出现下面的页面 双击文件名可以进行修改的。我的就是从这里开始修改把A,B,C 都去掉，只留号码就好 右键菜单点击delete 删除带※的那一行。得到下面的图示，点击保存，重新起名字。 之后点击此图内的Alignment 选择Align by clustalW即可。 默认设置即可，点击OK就进行比对了，此后会出现一个过渡对话框，显示的是两两比对和多序列比对的过程 之后回到初始页面，就是这个页面 之后点File---点开，把刚才保留的文件点开 然后出现下面的页面 多了几个内容，点击TA的那个框框。 之后出现这样的框框图片 然后在主程序中选择phylogeny---construct/test neighbor-joining tree,然后出现下面的页面 黄色框框处的的参数是可以改变的，该图为我已经改变好的，把Bootstrap 的值改为1000 Methods根据文献上的参考改为了Kimura2-parameter model. 之后点击compute,就出现了，而且还带有必需的支持率 即自展值，是用来检验你所计算的进化树分支可信度的。简单地讲就是把序列的位点都重排，重排后的序列再用相同的办法构树，如果原来树的分枝在重排后构的树中也出现了，就给这个分枝打上一分，如果没出现就给0分，这样经过你给定的repetitions次（至少1000次）重排构树打分后，每个分枝就都得出分值，计算机会给你换算成bootstrap值。重排的序列有很多组合，值越小说明分枝的可信度越低，最好根据数据的情况选用不同的构树方法和模型。