RalstoniametalliduransCH34苯酚甲苯降解基因的生物信息学分析.pdfVIP

维普资讯 第20卷 第4期 河 北 省 科 学 院 学 报 兰 笙!!旦． JournaloftheHebeiAcademvofSeiences Vo1．20No．2 NOV．20o3 文章编号 ：11301—9383(2003)04—0245—07 RalstoniametalliduransCH34苯酚 、甲苯 降解基 因的生物信息学分析 宋水 山，段普凡，贾振华，高振贤，马宏，张小兵 (河北省科学院生物研究所 ，石家庄 050081) 【摘 要】 采用生物信息学方法对 RalstoniametalliduransCH34基 因组序列进行 了深入分 析，推测了参与降解苯酚、甲苯／s_甲苯 降解 的有关基 因及功能，编码序列推测结果显示，R． metalliduransCH34中可能存在苯酚、甲苯／二甲苯问位降解代谢途径的基因操纵子及其调节 因子和辅助因子 ，为后续进一步克隆和研究各基因的准确功能提供了有益的信息，奠定了基础。 【关键词J RalstoniametalliduransCH34；问位降解途径；生物信息学 【中图分类号】 Q789 【文献标识码】 A Analysisofgenesinvolved in degradationofphenol，toluenein RalstoniametalliduransCH34genomebyrecallsofbioinformatics SONG Shui—shan，DUAN Pu—fan，JIA Zhen—hua，GA0 Zhen—xian， MA Hong，ZHANG Xiao-bing (Biologylnst#u~，HebeiAcademyofSciences，Shifiazhuang050051，China) Abstract NucleotidesequenceofRalstoniametallidurar~CH34genomehasbeenminedwith respecttohtegenesprobablyinvolvedindegradationofphenolortoluenebymeansofbioinfor- matics．Homologyanalysisofgene sequenceand theirdeducedaminoacid sequencerevealed htata large geneoperon includingallstructure，regulatory and facilitatorgenesrequired for degradationofphenolortolueneviameta—cleavagepathwaywasmostlikelypresentinhtege- nomeofRalstoniametallidura~CH34．A positivecascadereug latory mechanism probablyexis- ted inR．metallidurar~CH34．Theresultsreposedhereofferedabaseofrfullyunderstanding htemolecularmechanism ofdergadationofphenolortoluenebyR．metallidurar~ CH34． Keywords Ralstoniametallidurar~ CH34，Bioinformatics，Meta-cleavagepathway RalstoniametalliduransCH34是从一家锌工厂的沉积物 中分离得到的一株革兰 氏阴性菌 ，具有耐抗 镉 、钴 、镍 、锌 、汞等重金属的特性…。另外 ，实验表 明，尼 metalliduransCH34能够在以苯酚、甲苯或