信息度量的白质序列、结构、质谱数据研究.pdfVIP

摘 要 蛋白质是生命机体的基本组成成分，是连结分子运作和生物功能的主要组成部分， 因此对蛋白质的研究有助于理解分子机理，更加清晰的了解生命活动的规则．目前，运 用数学、信息学、计算机科学等学科的工具对蛋白质进行研究的生物信息学一一蛋白质 组学已经成为异常活跃的研究领域之一． 本文以信息论方法和优化方法为工具，以蛋白质序列、蛋白质结构、人体组织的蛋 白质组为研究对象，以提取蛋白质序列、蛋白质结构、蛋白质组的可区分表达的特征信 息为目的，主要针对蛋白质序列比较及其应用、蛋白质结构比较和质谱数据分类这三个 方面进行了研究．本文的主要研究成果如下； 在第二章，首先针对蛋白质多序列比对问题，建立了多序列比对的整数规划模型， 证明了该模型最优解的存在性，并且构造了优化算法用于求解该模型；根据氨基酸的亲 疏水性质，构造出蛋白质磷酸化位点周围的亲水残基序列间隔分布来模拟磷酸化位点周 围的物理化学环境，同时设计了预测磷酸化位点的算法；再者针对外膜蛋白和其他膜蛋 白及球蛋白的区分问题，利用蛋白质的子序列分布和FDOD函数进行了研究，此方法在 一些公用数据集上的分类精度高于已有的一些算法． 在第三章，主要研究了蛋白质结构比较问题．首先基于完全信息集的概念，提出了 一种