密码对的使与基因组进化.pdfVIP

密码对的使用与基因组进化 摘要 密码子水平的生物信息学分析是研究基因组进化、蛋白质功能以及遗传和环境相 互作用等课题中的一个重要环节。已知同义密码子的使用是非随机的。正如密码子的 使用一样，两个紧邻的密码子，即密码对的使用也是高度偏好的，这种偏置现象在原 核和真核生物中都广泛存在。为了探寻基因组中密码对使用的进化约束，本文分析了 不同进化水平生物基因组密码对使用的规律，主要研究结果如下： 1．以10种真核、60种细菌和40种古菌生物基因组为样本，分析了编码序列 中密码对和基因间序列中三联体对的相对模式数随频数的分布(DNM)，验证了这种 分布符合r0，∥)分布；通过研究r仁，∥)分布的形状参数口值，发现其与生物基因组进 化存在明显的相关性；编码序列与基因间序列的进化方式截然不同。对编码序列，从 古菌、细菌到真核生物口值逐渐增大，即口值将生物分成三类：古菌，细菌，真核生 物。对基因问序列，口值将生物分成两类：一类是细菌，另一类是古菌和真核生物。 这个结果显示密码对上下文关系包含了生物进化的信息，暗示真核生物、细菌和古菌 在调节基因组一级结构进化压力方面存在基本区别。 2．提出了一种以密码对使用偏好性和密码对中二核苷酸频率分