东农冬麦1号越期间的microRNA高通量测序及生物信息学分析.pdf

摘要 曼曼曼曼皇曼曼量皇曼曼皇曼量曼皇!舅曼皇曼皇曼曼皇曼曼曼曼曼曼曼曼曼量曼曼曼曼曼皇曼曼曼皇曼曼曼舅暑曼曼曼曼曼曼蔓曼曼曼曼曼曼曼曼量曼曼量曼量曼皇蔓曼曼皇蔓曼量皇曼曼量 摘 要 东农冬麦1号作为黑龙江省唯一能安全过冬的栽培品种，有着重要抗寒miRNA和miRNA 相关靶基因资源。本研究旨在挖掘东农冬麦1号的优良抗寒miRNA资源。一方面揭示“东 农冬麦1号”强抗寒机理，拓宽冬小麦抗寒遗传基础，为栽培冬小麦转基因研究提供优良抗 寒miRNA靶基因源，从而最终为北方地区栽培冬小麦的改良做出重要贡献；另一方面也为 miRNA代谢机制的深入研究提供重要信息。 本研究以东农冬麦1号分为试验材料，在大田自然降温条件下，分别于5。C、．15℃和．25℃ 三个不同低温下取材分蘖节，采用HiSeq技术进行高通量测序，测序片段长度经统计分析进 行Rfam(10．1)、Genbank数据库和重复序列筛选，最后把所有的得到的片段进行注释分类， 进行碱基偏向性分析，构建三个温度时间点miRNA表达谱，然后进行miRNA差异分析，并 构建miRNA差异表达谱，然后对已知的miRNA进行表达差异分析和家族分析；对未知的 miRNA进行预测分析，包括碱基偏向性分析和二二级结构预测，未知miRNA的表达差异分析 和靶基因预测，最后预测其未知miRNA的功能。主要研究结果如下： 1．小麦SmallRNA测序数据处理及统计分析 9448982 最后经sRNA分类注释筛选，获得三个不同温度下筛选出的miRNA总数分别为1299843、 1167152和1544325。 2．在冷诱导下小麦中已知miRNA鉴定及差异表达分析 析小麦保守miRNA阅读框的数量后，发现这些miRNA的表达频率差异很大，其中11个 m。iRNA出现的序列次数相对较高。在差异分析中发现5个与冷诱导有关的miRNA，分别是 56的表达丰度 最高，有下调表达趋势；tae．miR398明显上调表达且差异显著；tae—miRl60显著下调表达； 本研究推测以上五个miRNA与东农冬麦1号抗寒有关。 3．东农冬麦1号中的部分已知miRNA鉴定及差异表达分j昕 、7 摘要 !皇曼曼量曼皇曼曼曼量量曼曼量曼皇曼曼皇曼曼皇曼皇寰皇皇曼曼篡曼曼舅曼曼舅曼曼舅曼曼曼皇舅曼舅曼曼舅曼曼曼寰寰曼皇皇曼皇曼曼舅量葛蔓量曼皇曼蔓 东农冬麦1号在冷诱导下发现了567个已知miRNA，其中发生显著或极显著差异表达的 139、Tae．miR5218禾口 Tae．miR3704．、 4．预测新的miRNA 一15℃下获得96个，-25。C下获得125个。三个低温点分别预测到的靶基因数分别是8c1个、7 miRNA进行靶基因预测，其中7个预测到了靶基因，另7个没有预测到靶基因。本研究对感 关键词 东农冬麦1号；低温诱导；生物信息学分析；miRNA；靶基因； VI 摘要 曼曼曼蔓曼毫曼曼曼量曼舅曼曼曼曼皇曼皇曼曼蔓曼詈皇!曼鼍曼皇曼曼曼曼曼曼曼鼍皇曼皇曼曼量曼曼曼曼舅皇曼舅曼曼曼曼曼曼皇曼鼍曼寡量曼曼璺曼 Solexa andbioinformation sequencing 一1●一 of microRNAinwinterwheat analysis Dongnongdongmai 一，一1一 during overwInterlngperiod