三疣梭子蟹基因组串联重复序列的分析及其微卫星标记的初步筛选.pdfVIP

三疣梭子蟹基因组串联重复序列分析及微卫星标记的初步 !I币远 摘要 本文构建了三疣梭子蟹部分基因组文库，对片段长度为500,-．1500bp的4164个 克隆进行测序，在此基础上分析了微卫星和小卫星在基因组上的分布特征。利用 筛选的含有微卫星的克隆序列，设计出30对微卫星引物，并筛选出了9对多态性 引物。 409个碱基的基因 对三疣梭子蟹部分基因组DNA文库测序，获得了总长度622 组DNA序列，从中找到微卫星重复序列(1-6bp重复)697个。统计微卫星重复类型， 以两碱基重复数目最多，为445个，占微卫星序列总数目的63．84％；其次是三碱 基，152个，占21．81％：再次分别是单碱基，45个，占6．46％；四碱基，31个，占4．45％： 五碱基，14个，占2．01％；六碱基，10个，占1．43％。在单碱基重复类型中，重复 拷贝类别全部为A；两碱基重复类型中，AG重复数目最多，其次是Ac和AT；三碱 基重复类型中以ACT最多，其次是AGG和从T；四碱基重复类型中，AGAC重复数目 最多；五碱基重复类型中，以AACCT重复拷贝类别最多；六碱基重复中以AGGGGA 重复数目最多。Gc重复拷贝类别的重复数目很少，只发现1个(注册号为 EUll3241)。 序列总长度占测序序列总长度的2．55％。小卫星序列中，以12bp重复单位的序列 数量最多(10．77％)，总体趋势表现为重复单位越长，相应的重复序列数目越少 分布在2--,25，且表现为拷贝数目越大，其相应的重复序列数目越低的趋势。130 个重复序列分别由123种重复单位所组成，因而小卫星重复序列的类型很多。我 们初步分成三类：两种碱基组成类别、三种碱基组成类别和四种碱基组成类别， 并进一步根据各个重复序列中所含有的碱基种类的数量从大到小排列这些碱基 而分成若干小类。从这些分类中可以看出，三疣梭子蟹基因组中的小卫星整体上 是富含A／T的重复序列，并揭示了其与微卫星重复序列之间的关系，即一部分小 卫星重复序列可能起源于微卫星序列。 对蟹类微卫星分离方法、引物设计、遗传学特性以及在种群遗传、家系分析、 遗传多样性评价等方面的最新研究进展进行了综述，并分析了微卫星分析中无效 等位基因(nullallele)、“结巴”带(stutterbands)和上游等位基因“扩增丢失” allelie 现象(upperdropout)的产生原因以及对微卫星基因型判读带来的影响。 根据建立的三疣梭子蟹部分基因组文库，筛选其中含有微卫星序列的克隆设 计引物。在709个克隆测序序列中，找到包含完整侧翼序列(长度大于50bp)的 重复序列，设计了30对微卫星引物，从中筛选出了9对微卫星多态性引物。 关键词： 三疣梭子蟹；串联重复序列；微卫星；小卫星；引物筛选 Portunus AnaI i S oftandem i n crab ys repeats tritubercu／atus l I i temarker andmi crosate genome screeni ng Abstrct In tubercu]atuswas this ofcrabPortunustrJ paper,randomgenomelibrary constructedandthe of4164 werebetween500to1 lengths clones