101 计算平台培训教程 v3.ppt

* * * * * * * * * 学生服务 教师服务 部门服务 特色服务 HPC系统使用指南 研发部(2011年06月7日) 简介 我校HPC系统有一台用户登录节点机RX2620，一个网络存储EVA4000系统，八台各配置有32颗安腾IICPU/64G内存的计算节点机组成。使用LSF作业调度系统提交作业。 如图 ? 基本使用 作业提交 串行作业 用bsub命令 $ bsub –q normal -o %J.out myJob 其中myJob必须是作业的全路径。输出文件名为jobid。 并行作业 用bsub命令 $ bsub -n 16 -o %J.out mpijob ./myjob -n后跟使用的cpu个数。 指定作业运行机 用bsub命令 $ bsub -m "xm1 xm2 xm3" n 16 -o %J.out mpijob ./myjob 将该任务限定在xm1 xm2 xm3上运行 作业监视 bjobs检查提交作业状态 $ bjobs bhist 显示最近完成作业或正在运行作业的历史情况 $ bhist <jobid> bkill 删除不需要的作业 $ bkill <jobid> $ bkill –r <jobid> bpeek 当作业正在运行时显示它的标准输出，监视作业运行 $ bpeek <jobid> 相关命令 bqueues 显示队列信息 $ bqueues $ bqueues –l <queue name> bhosts 显示各节点作业相关情况 $ bhosts $ bhosts <hostname> lsload 显示各节点负载信息 $ lsload $ lsload <hostname> lshosts处理各节点静态资源信息 $ lshosts $ lshosts <hostaname> ? 使用规定 系统有独立的记录服务器自动通过网络将用户的登录及执行命令的情况加以记录和审计.计算服务器出于方便用户进行科研工作的目的,给予了各用户相对较高级别的应用执行权限. 我们希望本系统的用户能爱惜计算资源,尊重其他用户的计算权利,严格遵守以下计算服务器的使用规定 1.只在计算服务集群上运行与申请帐户时填写的科研项目有关的计算程序。 2.只使用LSF平台提交计算任务。 3.勿恶意抢占计算和存储资源。 4.勿试图进入或干扰其它用户的计算任务。 5.勿试图破解其他用户的密码。 6.勿进行其它任何试图攻击和破坏本系统的行为。 违反使用规定的用户可能被谢绝使用本系统，如对系统或其它用户的计算任务造成损失，应承担相应的赔偿责任。 ?  * * * * * * * * * 重庆智能交通云 * LSF作业脚本 作业脚本 计算任务通过脚本文件提交到作业管理系统 脚本文件是一个常规文本文件,具有执行权限,可以直接在登入节点使用 vi 编辑器编写,也可异地编写上传至用户作业工作目录,但 要注意 dos2unix 转换一下 脚本文件名无特殊规定,起一个可识别的名字即可，编辑完成脚本文件后,将脚本赋予可 执行权限,然后提交 例如：对一个名称为 test.lsf 的作业脚本文件,编辑完成后,需要执行命令 chmod 755 test.lsf 赋予执行权限,然后使用命令 bsub ./test.lsf 来提交 LSF脚本基本结构： 脚本组成 含义 Bsub参数设置（必选） 进行资源申请、并行方式设置、 作业参数等设置 用户自定义变量（可选） 用户根据自身习惯定义环境变 量或执行批处理命令 执行命令（必选） 应用程序参数及执行命令 OpenMPI Bsub脚本说明 #!/bin/sh #BSUB -J myjob 指定作业名字 #BSUB -q *** 指定提交的队列 #BSUB -o output.%J 指定作业的输出文件 #BSUB -a openmpi 指定作业使用哪种的 mpi,由于系 统默认使用 OpenMPI,则此选项值 为 openmpi。若不指定此选项,系 统仍默认使用 OpenMPI #BSUB -n M 指定作业使用核数 #BSUB -R "span[hosts=N]" 指定是否跨节点使用。如果用户需 要所有核在一个节点上,就可以指 定”span[hosts=1]”;如果用户希望#BSUB -R "span[hosts=N]"每个节点使用 x 个核,那么节点数 N= M/x,如每个节点使用 2 个 core, 一共需要 8 个 core, 那我们就应该 指定”span[ptile=4]” AppPATH=”/dawnfs/software/App/” 用户定义相关环境变量、执行批处 理命令等。在本例中定义了环境变 量$NAMD,在执行命令中使用。若 用户在./~bashrc 中已经定义了相关App