遗传变异与肿瘤防治创新.pptVIP

影响基因的转录 影响基因产物蛋白的功能 影响mRNA剪切和/或稳定性 影响microRNA结合和/或mRNA翻译 吴 晨 教 授 谭 文 教 授 于典科 副教授 常 江 博 士 翟 侃 博 士 李 栋 博 士 卫丽绚 博士生 郑 健 博士生 黄旭东 博士生 杜忠礼 博士生 詹启敏 教 授 刘芝华 教 授 寻找相关的基因和功能位点 r2 = 0.77 KIT基因 rs6554199GT变异位于KIT基因上游1.6 kb，可能是KIT基因调控区 rs6554199 rrs6554198 r2 = 1.00 Survival Probability 0 20 40 60 80 100 0 20 40 60 80 100 0 20 40 60 80 100 0 20 40 60 80 100 120 Survival Time (month) 0 20 40 60 80 100 120 Survival Time (month) 0 20 40 60 80 100 120 Survival Time (month) Survival Probability Survival Probability GG GT TT GG GT TT GG GT TT rs6554199GT变异与食管癌术后放疗生存的关系 P=0.0022 P=0.0017 P=3.6 x 10-5 HR=1.45, 95% CI=1.19?1.78 HR=1.72, 95% CI=1.21?2.44 HR=1.50, 95% CI=1.27?1.78 rs6554198A/G等位基因与核蛋白的相互作用 A等位基因和G等位基因序列与核蛋白的结合模式和能力无显著差异 Probe Band 1 Band 1 Nuclear Extract Lane ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 rs655419899T r rs6554199G rs6554199T － － 10X 100X － － － － － 100X － － － － － － － 100X 10X 100X rs6554199T: 5′-ACAGAGACCTTTTGTATTTCAGTTC-3′ rs6554199G: 5′-ACAGAGACCTTTGGTATTTCAGTTC-3′ rs6554199G/T等位基因与核蛋白的相互作用 A等位基因和G等位基因序列与核蛋白的结合模式有显著差异 Band 1 Band 2 Probe 与rs6554199位点结合的核蛋白质谱分析结果 100 70 55 40 35 25 10 kDa 0 150 50 100 Peptide Score 5 4 3 2 1 0 Number of Matches (1e+2) No. Protein Score Matches 1 sp|P06748|NPM 2392 57 (51) 2(1) sp|P13645|K1C10 685 17 (17) 2(2) sp|P08727|K1C19 93 4 (4) 2(3) tr|K7EMS3|K7EMS3 73 3 (3) 3(1) sp|P04264|K2C1 647 18 (18) 3(2) sp|P35908|K22E 349 12 (11) 3(3) sp|P13647|K2C5 185 5 (5) 3(4) sp|P02538|K2C6A 172 6 (5) 4 sp|P35527|K1C9 640 20 (16) 5 sp|Q8TDN6|BRX1 246 8 (8) 6 tr|H7C2Q8|H7C2Q8 186 7 (5) 7 tr|Q5QPL9|Q5QPL9 114 6 (5) 8 sp|Q13247|SRSF6 87 2 (2) 9 tr|G5E9V5|G5E9V5 70 2 (2) 10 tr|H0YH81|H0YH81 62 3 (2) NPM: Nucleophosmin Marker G-allele T-allele Nuclear Extract Lane ? ? ? ? ? 1 2 3 4 5 6 ? ? 7 NPM p-NPM Sp1 Oct-1 IRF-8 ? ? Antibody rs6554199G 5′-ACAGAGACCTTTGGTATTTCAGTTC-3′ Supper shift band Probe Band 1 NPM抗体抑制核蛋白与rs6554199G序列