基于DNA序列LZ复杂性距离的系统进化树重构.pdfVIP

高技术通讯 年 月 第 卷 第 期 2006 5 16 5 基于 序列 复杂性距离的系统进化树重构! DNA LZ ! ! ! 李 斌 何红波 李义兵 （中南大学信息科学与工程学院 长沙 4 10083 ） ! （ 中南大学物理学院 长沙 4 10083 ） 摘 要 根据 复杂性的原理，提出了序列间条件 复杂性的概念。基于条件 复杂 LZ LZ LZ 性，定义了非空序列间的 复杂性距离。选取 种有胎盘哺乳动物，以它们的全线粒体 LZ 20 基因组作为分子数据，计算两两之间的 复杂性距离，得出距离矩阵。根据计算出的 LZ LZ 复杂性距离矩阵重构了 种有胎盘哺乳动物的系统进化树。基于 复杂性距离所得的 20 LZ 系统进化树支持有胎盘哺乳动物中的灵长动物（ ）、原蹄动物（ ）和啮齿 Primates Ferungulate 动物（ ）三者之间灵长动物与原蹄动物之间亲缘关系更近一些的观点。 Rodents 关键词 生物信息学，系统进化树重构，条件 复杂性， 复杂性距离 LZ LZ 的一个可计算的有效量度。它也是对序列复杂性的 ［ ］ 11 一个有效的刻划 。本文首先简单说明了 复杂 0 引 言 LZ 性的概念和计算方法，然后在 复杂性的计算方法 LZ 从生物的DNA 序列数据出发重构系统进化树 上，提出了计算两序列间条件 LZ 复杂性的概念，由 的算法有两大类。一类是结构法，另一类是距离 此定义序列间的 复杂性距离，最后以 种有胎 LZ 20 ［］ 法 1 。传统的用于系统进化树重构的距离测度包括 盘哺乳动物为例，说明利用 复杂性距离进行系统