1.生物无机化学概论教程讲解.ppt

SELEX 技术---得到DNA配体 绿色部分为随机链部分，若有40个碱基为随机链： 440 = 1024 Practical limit =1015 = ~ 2 nmoles = ~ 50 ug DNA * SELEX 技术---得到RNA配体 先建立一个RNA库，这个库的建立是针对要选择的绑定靶位点进行设计的，配体特定位置的碱基进行完全随机排列。然后通过有靶序列的硝化纤维过滤器进行过滤，从硝化纤维过滤器上洗提的RNA通过逆转录得到cDNA，然后再合成双链DNA，接着进行PCR扩增。将得到的PCR产物再进行转录，转录得到的、绑定效果较好的新的RNA再进行下一轮循环。进行多次（一般是4~5次）即可得到高亲和力的适配体。 RNA DNA RNA RNA (1015) W-H. Tan, PNAS, 2006, 103, 11838–11843. Aptamers evolved from live cells as effective molecular probes for cancer study 已报道的拥有适配体的靶标 AMP-binding aptamer AMP是能量代谢过程中一种重要的代谢产物,细胞内AMP含量的多少直接决定了细胞中能量代谢情况,此外AMP的特殊环状结构：cAMP亦是细胞信号传导过程中非常重要的物质。因此,细胞内AMP的水平是衡量微生物生长好坏状况的一个很重要的内部指标。 AMP 结构式 DNA Aptamers for ATP (AMP or Adenosine) (A) The ATP-binding DNA aptamer with bound ATP. (B) An alternative way of drawing the aptamer in part A. (C) The ATP binding RNA aptamer. (D) Structures of ATP, AMP, and adenosine. DNA Aptamers for Thrombin Schematic representation of the two sites on thrombin that interact with aptamers. The 15-mer aptamer with a G-quadruplex structure targeting the fibrinogen-recognition exosite. Aptamer with an additional duplex region targeting the fibrinogen-recognition exosite. Aptamer targeting the heparin-binding exosite. 链霉素 Streptomycin-binding aptamer 链霉素结构式 妥布霉素Tobramycin (antibiotic) bound to its aptamer (backbone) 妥布霉素结构式 The sequence of the cocaine DNA aptamer construct used in this study and a proposed folding pathway DNA Aptamers for cocaine 神经生物无机化学：包括离子通道，离子泵和钠、钾、钙的调控； * ——经典生物学： 从细胞水平看问题，无法合理解释 * 各种具有不同生物功能的生物大分子都是由为数不多的结构单元（如氨基酸、核苷酸、脂肪酸、单糖等有机基本成分和一些无机离子）所组成。各种生物功能是许多生物分子间有组织的化学反应的表现，是许多配合准确、配合默契的化学反应的复杂的组合。（牵一发而动全身） —— 化学家： ? 研究生物大分子的结构-性质-功能； ? 研究生物化学反应机理（热力学、动力学） * * T比U多一个5位甲基，这个甲基增大了遗传的准确性， 所以在DNA中采用了T而不是U；为了是增加结构的稳定性，所以双链的DNA比单链的RNA稳定。而RNA中不需要保持遗传稳定性，所以在进化上没有必要采用比尿嘧啶复杂的T。 * * * dAMP 是一分子脱氧核糖，一分子磷酸和一分子腺嘌呤组成的化合物 dATP 是一分子脱氧核糖，三分子磷酸和一分子腺嘌呤组成的化合物，其中三个磷酸分子连在一起具有高能磷酸键 * * * * 根据第三条链的碱基类型，三螺旋DNA可分为“嘧啶型”三螺旋和“嘌呤型”三螺旋。在“嘧啶型”三螺旋中，第三条嘧啶链沿着平行于双螺旋中嘌呤链的方向，缠绕在双螺旋的大沟区；通过氢键专一地与嘌呤链结合，