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NGS analyzer:  次世代シークエンス解析プログラム 独立行政法人理化学研究所 情報基盤センター HPCI計算生命科学推進プログラム 須永 泰弘 2013/5/29 次世代シークエンス解析ソフト講習会 1 NGS analyzerとは? ・次世代シークエンサー(NGS)からの塩基配列データを用い て、マッピング、PCRの除去、SNPタイピング、欠失挿入の検出 を行う。 ・一連の作業はパイプライン化してある。 ・「京」コンピュータなどの並列計算機で高速に行うことが可能 開発者: 理化学研究所統合生命医科学研究センター 角田 達彦 藤本 明洋 2013/5/29 次世代シークエンス解析ソフト講習会 2 本日の講義内容 1.次世代シークエンス(NGS)の概要 2.NGS analyzerの概要 3.必要な計算環境とデータファイル 4.解析例の紹介と速度比較 5.解析の流れ(コマンドの紹介) 2013/5/29 次世代シークエンス解析ソフト講習会 3 本日の講義内容 1.次世代シークエンス(NGS)の概要 2.NGS analyzerの概要 3.必要な計算環境とデータファイル 4.解析例の紹介と速度比較 5.解析の流れ(コマンドの紹介) 2013/5/29 次世代シークエンス解析ソフト講習会 4 個人ゲノム決定のコスト 10億円 100万円 /images/content/cost_per_genome.jpg 2013/5/29 次世代シークエンス解析ソフト講習会 5 次世代シークエンサー(ハイスループット型) 参考: 第1世代自動シークエンサー GSFLX+ (ロシュ) Hiseq2500 (イルミナ) 3130xl (ABI) 0.7Gb/23時間 600Gb/11 日 リード長:700bp リード長:2 ×100bp 5500xlw (ライフテクイノロジーズ) 270Gb/14 日 リード長:2 ×60bp 2013/5/29 次世代シークエンス解析ソフト講習会 6

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