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ngs analyzer - csrp.riken.jp
NGS analyzer:
次世代シークエンス解析プログラム
独立行政法人理化学研究所
情報基盤センター
HPCI計算生命科学推進プログラム
須永 泰弘
2013/5/29 次世代シークエンス解析ソフト講習会 1
NGS analyzerとは?
・次世代シークエンサー(NGS)からの塩基配列データを用い
て、マッピング、PCRの除去、SNPタイピング、欠失挿入の検出
を行う。
・一連の作業はパイプライン化してある。
・「京」コンピュータなどの並列計算機で高速に行うことが可能
開発者:
理化学研究所統合生命医科学研究センター
角田 達彦
藤本 明洋
2013/5/29 次世代シークエンス解析ソフト講習会 2
本日の講義内容
1.次世代シークエンス(NGS)の概要
2.NGS analyzerの概要
3.必要な計算環境とデータファイル
4.解析例の紹介と速度比較
5.解析の流れ(コマンドの紹介)
2013/5/29 次世代シークエンス解析ソフト講習会 3
本日の講義内容
1.次世代シークエンス(NGS)の概要
2.NGS analyzerの概要
3.必要な計算環境とデータファイル
4.解析例の紹介と速度比較
5.解析の流れ(コマンドの紹介)
2013/5/29 次世代シークエンス解析ソフト講習会 4
個人ゲノム決定のコスト
10億円
100万円
/images/content/cost_per_genome.jpg
2013/5/29 次世代シークエンス解析ソフト講習会 5
次世代シークエンサー(ハイスループット型)
参考:
第1世代自動シークエンサー GSFLX+ (ロシュ) Hiseq2500 (イルミナ)
3130xl (ABI)
0.7Gb/23時間 600Gb/11 日
リード長:700bp リード長:2 ×100bp
5500xlw (ライフテクイノロジーズ)
270Gb/14 日
リード長:2 ×60bp
2013/5/29 次世代シークエンス解析ソフト講習会 6
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