第三章BLAST与序列特征讲解.pptx

第二章 BLAST与序列比对 上机复习;通过序列比对工具BLAST学习，了解蛋白编码基因的功能注释原理 本地blast使用方法 介绍多序列联配工具ClustalX 序列比对排列工具bioedit的用法 序列比对排列工具muscle的用法 序列比对排列工具mafft的用法;序列比对的进化基础;BLAST;;QuerySequence;程序名;以Blastx为例： ;密码子表;;与核酸相关的数据库;;;;;选择打分矩阵（scoring matrix）;;;;上机实习1：网上运行blastx和blastn;本地运行BLAST;登陆NCBI的FTP下载blast程序;本地数据库的构建;数据库的格式化;程序运行;上机实习:本地运行blastx;;因为我的程序安装在D盘copy文件夹中的bin文件夹中 输入“d:” -回车 #到D盘 输入”cd copy” -回车 #到copy文件夹 cd bin -回车 #到bin文件夹 dir #显示文件夹内容;输入“dir”-〉回车 察看bin文件夹下内容;输入“more db.fas”-〉回车察看db文件内容;输入“makeblastdb –in db.fas –dbtype prot”-〉回车 对db数据库进行格式化;输入“dir”-〉回车 察看bin文件夹下内容;输入“blastx -query in.txt -db db.txt -out out.txt -evalue 1e-5 -outfmt 7” -〉回车 运行blastx程序;;用”more out” 察看结果文件;选择–outfmt参数时 比对结果显示序列两两比对;用”more out” 察看结果文件;多序列比对的目的;;ClustalW/X的运行;·;;上机实习3：本地运行ClustalX ;在文件夹下，找到clustalx.exe 双击打开;Clustalx窗口;点击File下拉菜单中 Load sequences选项， 打开序列文件dmrt1.txt;打开后的界面;;可在Alignment下拉菜单中的Alignment Parameters中设定各个参数;点击Alignment下拉菜单中的Do Complete Alignment进行比对;比对结果 “*”、“:”、“.” 和空格依次代表改位点的序列一致性由高到低;Bioedit的使用;基本界面;比对可视化;编辑序列 多种功能;Muscle的使用http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/;Muscle*.exe –in in –out out.txt;Muscle*.exe –in db.fas –out db.aligned.fas;可用图形界面工具观察比对效果，进行人工校正;Mafft的使用（比对效果较好）;mafft in out mafft –auto in out