MBgGenestructureB教程分析.ppt

● 反转录转座子的转座方式及特点 DNA → RNA → DNA mRNA/cDNA DS cDNA 高度的遗传稳定性 高拷贝性 玉米; 基因间几乎由具LTRs 反转录转座子填充 多数DNA 结构完整 部分呈相嵌 (chimera) 方式 LTR2 LTR1 推测; 高等植物基因组大小( C )的差异 主要由 retro-transposons 拷贝数所造成 Zea mays LINE 50-100 Nicotiana tabacum Ty1-copia ＞100 Oryza sativa Ty1-copia 1000 Arabidopsis Ty1-copia 0.1% of C Zea mays Ty1-copia Ty3-gypsy 50% of C species retrotransposon class copy number 高拷贝性 The largest component of the human genome consists of transposons 25% Tens of Mbp of satellite repeat sequence interspersed with RTE (PNAS,1998,p395-406) RTE prefer to insert within each other, resulting in nested groups of transposons in between genes. (Science 1996,274:p765-768) Mutator(Mu), Miniature inverted-repeat tranposable elements (MITEs), insert preferentially into genes. (Genome Res. 2000,10:p982-990) gene gene gene nested 高异质性 同类群反转录转座子间 ( 除类群特征的保守序列外) 具有高度异质性 表现在不同植物间 同一物种不同品种间 同一基因组内 Fu H and Dooner HK Analysis 2 BACs sequence isolated from a commercial library by using a bz probe between two inbred McC and B73 July 9, 2002 PNAS.vol 99/no.14/9573-9578 除黄色箭头标记的基因外, 两个自交系间存在大量 LTREs, gag/pol差异 外显子序列保守 内含子序列多变 （但外显子与内含子基因发生突变的频率相同） 外显子序列承受选择压力！ 相邻排列的重复基因 外显子相似程度高 内含子分化程度高 这种间隔基因的结构在相当程度上缩短了发生错配的DNA片段的长度 抑制了不对称交换的发生 增加了基因簇的相对稳定 跳跃基因 （Jumping gene / Transposable element转座因子） COMMENTARY IN PNAS 2013 A transpo