第五章 序列比较与系统发育分析.pptVIP

主要内容 §5.1　概述　 §5.2　序列比对 §5.3　系统发育分析 一、序列比对的概念 Clustalx窗口 点击File下拉菜单中 Load sequences选项， 打开序列文件17-RNASE1.fasta.txt (该文件一定要与ClustalX.exe在同一目录下，格式可以是*.fasta 或*.txt） **路径必须是英文路径。 如果路径中含有中文，则会显示文件无法打开（Cann’t open file)的信息. 序列文件打开后的界面 点击进行多序列比对 保存比对结果，生成×.aln文件 比对结果 ‘*’‘:’和空格依次代表该点的序列一致性由高到低 §5.3 系统发育分析 一、系统发育分析 系统发育分析（Phylogeny)：就是根据同源性状的分歧来评估物种或分子之间的进化关系。 表示方法：常用分支图（即系统树或称进化树）来描述。 　　进化论表明：任何物种之间都存在一定的亲缘关系，亲缘关系可以用进化分支树表示。在分支树上距离越远的物种，它们在进化中的亲缘关系也就越远。 系统树 genealogical tree，phylogenetictree，（也称进化树，演化树，谱系树）认为生物各种族的系统关系有如树状，可用图来表示其状态，此称为系统树。由海克尔（E．H．Haeckel）1872年提出。他制成了动物界和植物界全部的系统树，给予生物学以很大的推动。 也有学者