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2016-07-22 发布于河南
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IPCA算法

　　作者：李敏，陈建二，王建新，胡斌，陈刚　;概述;相关背景及定义;２、扩展节点与子图Ｋ的作用概率ＩＮｖｋ　　ＩＮｖｋ＝　　　　　　　其中，mvK是指顶点ｖ与子图K的顶点之间存在的边数，ｎＫ是指子图K的顶点数。;;计算顶点的权重选择种子扩充簇 ;计算顶点权重;将队列Ｓｑ的首个顶点，即权重最大的顶点作为种子，并将该种子作为识别的蛋白质复合物(称为“簇)的初始状态进行扩充。每扩充完一个簇，队列Ｓｑ中对应的该簇的顶点被移除。新簇的种子从剩余队列Ｓｑ中产生。队列岛为空时，整个算法结束。 ;;;;实验二、与ＭＩＰＳ数据库中的已知蛋白质复合物比较;;实验三、蛋白质网络与随机网络的比较;为了考察随机网络中识别的小复合物是否有意义，我们把它们与已知蛋白质复合物进行了比较，结果如图６所示;实验四、ＩＰＣＡ与其它算法的比较; 到目前为止，??一种实验技术或计算方法预测出来的蛋白质相互作用数据都不可避免地具有一定程度的假阳性和假阴性。所以，好的蛋白质复合物识别方法应该对蛋白质网络中存在的假阳性和假阴性具有很好的健壮性。这里我们用随机增加和移除一定比例的边来模拟蛋白质网络的假阳性和假阴性。随机增加边的比例从10％到100％，从这些具有高的假阳性的数据中进行蛋白质复合物识别，并将识别出来的结果与已知蛋白质复合物进行匹配，匹配的结果如图所示;图（ａ）：随着假阳性的增强，算法IPCＡ能够标识出来的已知蛋白质复合物数量几乎没有下降多少，说明其具有相当高的抗噪能力；图（ｂ）：只要移除边的比例小于50％，算法IPCＡ能够标识出来的已知蛋白质复合物数量下降的很少。;实验六、运行时间的分析