第一章分子模拟精编.ppt

分子模拟基础 ;分子模拟 ;Outline;References ;The Theoretical Background 理论背景;;方法1、2、3的共同点 a) 计算分子体系的能量、与能量有关的物理、化学性质。 b) 进行几何构型优化。在初始几何构型的附近寻找具有最低能量(local minimum)的平衡几何构型。几何构型优化是根据能量梯度（即能量对原子位置坐标的一阶导数）最小化得到的。 c) 计算分子振动频率。依据是能量对原子位置坐标的二阶导数矩阵。;Advantages 优点 方法很便宜。可用于大分子体系，如蛋白质，核酸等生物体系的模拟计算。;a) Semi-empirical QC Methods 半经验方法 HMO、AM1、MNDO、PM3、INDO/S等方法;Functions in Gaussian03; 一个理论模型对于任何给定的分子（核和电子）有唯一的定义。即对于求解体系的薛定谔方程来言, 分子结构本身就可以提供充分的求解条件。;包括: 理论方法、电子的自旋状态、基组 ;原子体系的Schr?dinger方程; 体系处于定态的时候，电子在空间某点出现的几率密度不会随时间变化。因此可以近似把某个电子的运动看作是在其他电子形成的平均势场（电子云）中相对独立地运动。;;Hartree方程（自洽场模型）;电子的自旋相关－Slater行列式波函数;1.2.2 Open shell 开壳层 Close shell 闭壳层 ;;开壳层的可能性： 1. 存在奇数个电子,如自由基，某些离子体系 2. 激发态 3. 有多个单电子的体系（含过渡金属原子体系） 4. 描述键的断裂过程 ;1.3 Basis set 基组;; Gauss型轨道计算起来快速、方便。但它与电子运动的真实图象相差太远。 ;1.3.1 Minimal Basis Sets 最小基组;1.3.2 Split Valence Basis Sets 分裂价层基组;问题1：H原子与C原子若使用基组6-31G，它们的基函数各有多少个？ ;1.3.3 Polarized Basis Sets 极化基组;笛卡儿: d(x2), d(y2), d(z2), d(xy), d(xz), d(yz) 纯粹轨道: d(z2-r2), d(x2-y2), d(xy), d(xz), d(yz);问题2：H原子与C原子若使用基组6-31G*或6-31G**，它们的基函数各有多少个？ ;1.3.4 Diffuse Functions 弥散函数 ;问题3：H原子与C原子若使用基组6-31+G*或6-31++G**，它们的基函数各有多少个？ ;1.3.5 High Angular Momentum Basis Sets 高角动量基组;1.3.6 Effective Core Potential Basis Sets有效核势能基组;STO-3G: [H-Xe] 3-21G:[H-Xe] 6-31G(d):[H-Kr] 6-31G(d,p):[H-Kr] 6-31+G(d):[H-Kr] 6-31+G(d,p):[H-Kr] 6-311+G(d,p):[H-Kr] 6-311+G(2d,p):[H-Kr] 6-311+G(2df,2p):[H-Kr] 6-311++G(3df,2pd):[H-Kr] ;同一理论水平上计算值和基组之间的关系;1.4 理论方法;1.4.1 半经验方法; 1.4.2 半经验方法的局限性;1.4.3 Hartree-Fock理论的局限性; 1.4.4 Electron Correlation and Post-SCF Methods电子相关和后SCF方法;HF/STO-3G ;1.4.5 Density Functional Theory Methods密度泛函理论方法;1.5 资源的使用; CPU 内存 磁盘 实际消耗CPU 磁盘 传统SCF N4 N2 N4 N3.5 N3.5 直接SCF N4 N2 - N2.7 N2 MP2 能量 传统 ON4 N2 N4 ON4 N4 直接 ON4 OVN - O2N3 N2 半直接 ON4 N2 VN2 O2N3 V