单晶结构解决方案.ppt

一. X-射线衍射的基本原理 错位面对面 边对面 (C-H- π作用) 正位面对面 对于面对面的，计算两苯环中心的连线与环所在的平面的夹角θ值有助于说明π-π作用的强度 *π-π堆积作用的计算要在XP程序中完成 四) 结构图 除了晶体结构数据外，单晶结构分析还提供了另一强有力的表达方式，即各式各样的结构图 常用的有：分子结构图（椭球图）、晶胞图、堆积图及表明特性作用或结构的图 Shelxtl中的XP程序具有强大的图形功能，可以通过多个指令的灵活配合，画出各种不同的图 画结构图的基本原则： 1. 图形的表达应该与论文或报告的内容密切相 关联，而不同的学术杂志对图形的要求不同，这就 需要在作图前有所了解。同时要保证在图形缩小到 符合出版要求时仍然清晰。 2. 分子结构图要完整，对于独立单元不是完整 分子的结构，不能只画出独立单元中的原子，但也 应该避免过于复杂，要尽量避免原子重叠，如果无 法完全不重叠，要突出要点（如重要的原子和键要 表达清楚）。 3. 原子标签要满足清晰（足够大）和美观（太 大了也不好看），与原子的距离要合适，对称操作 产生的原子可以不标记。 XP的常用指令(字母大小写通用) 长出完整的分子 GROW 删除所有对称操作产生的原子 FUSE 读入数据 FMOL/n 存储XP中产生的文件 FILE filenames 退出XP EXIT 显示该通道中所有的文件 EXAM 显示指定原子的环境 ENVI n A1 打印结构图或转换图形文件 DRAW filename 计算并显示指定原子的中心 CENT/x Atomnames 显示晶胞参数 CELL 指定原子半径 ARAD 0.30 1.52 A1 含 义 指 令 填充球半径 成键半径 原子名(或$A) 指定显示的范围 加/x同时给中心点X1A 含 义 指 令 产生晶体堆积图 PACK 读出SAVE指令保存的文件 NEXT 重新命名原子 NAME X1 A1 计算指定原子的平面和二面角 MPLN Atomnames 指定所显示图形的取向 MATR n 改变原子间的键连方式 LINK n Atom pair 计算两原子间的连线 LINE Atom pair 定义如何标注原子和标签的大小 LABL code size 删除指定的原子（或Q） KILL Atomnames 改变原子间的键连方式 JOIN n Atom pairs 将指定原子转换成各向同性 ISOT Atomnames 显示一个或所有原子的结构信息 INFO ( A1) 指定键的类型，n=1：立体实线； 2：空地实线； 3：立体虚线；4：空地虚线； 5：实线； 6：虚线； 缺省值为1 指定标签的类型，0：不标；1：没括号不标H； 2：带括号不标H； 3：没括号标H；4：带括号标H 指定标签的大小，缺省值600，常用值300--500 将前者改为后者，也可用通用符，如??A ?? 表示观看或投影图形的取向，1：沿a 轴； 2：沿b 轴； 3：沿c 轴 如果计算了多个平面，则还给出了此平面与前几个平面的二面角；如果改用MPLN/n，则可计算出重叠较少，较清楚的图形取向 含 义 指 令 显示TELP指令保存的文件 VIEW filename 独立出指定原子所在的单元 UNIQ Atomnames 删除指定原子间的键连 UNDO Atom pair 画、保存图形文件（plt文件） TELP s p b d keywords 显示该结构的所有对称操作码 SYMM 根据对称操作码产生新原子 SGEN s Atomnames 保存文件 SAVE filename 移动原子坐标 PUSH dx dy dz sign 显示旋转目标图形 PROJ cell 定义格子宽度、深度和中心坐标 PBOX w d xc yc zc 通常为缺省值0.5、0.5、0.5 宽度，通常上下为左右的0.75 以cm为单位的点距，缺省值为50 观察晶胞或堆积图加之 坐标变量 标识码，必须为+1或-1 也类似于MOVE，在XP中代替INVI 对称操作码，由ENVI指令得到 用度表示的立体视角，常用0：为一维图 画热椭球的probability, 负值为热椭球 键线的宽度，缺省值为0.05 深