5蛋白质三级结构预测程序.ppt

用Swiss-model分析如下序列，进行三级结构建模，取3个结果，并分析所得模型 MSSGQCRSANAEDAQEFISDVERAIETLIIKNFHQSYSSVESNLAIGGKESTLTPSELRDLVTQQLLLKSSKPHLMPSNCGLEEKIASNLGSCKKNDSKLEEFRSFWAELLIGEAAKKSSVKLERPVRGH; * * 能量函数 蛋白质的势能 基本步骤 选择蛋白质能量函数模型 选择三维结构的表示方法 选择三维结构的评价函数 选择寻找最优结构的优化方法 ?关键问题 大规模非线性规划 大量的局部极小点 在计算时间和准确度之间寻找平衡 基于能量最小化的从头预测法 非线性规划 最速下降法 牛顿法 共轭梯度法 全局优化方法 遗传算法 分解-结合法 离散化方法 最优化方法 分子动力学 方法 对蛋白质中原子间的作用力进行建模 用动力学方程跟踪蛋白质折叠时每个原子的位置 求解这些方程的解析解是极其困难的 用离散动力系统的方法来确定数值解 问题 模拟蛋白质折叠过程是非常消耗时间的 模拟 10-9 秒的蛋白质折叠过程大约需要一天时间 蛋白质的实际折叠时间大约在 10-4 秒的数量级或者更多 需要超级计算机 新的趋势 混合预测方法 在比较建模法和折叠识别法中使用从头预测法来预测部分难以找到模板的片断 在从头预测法中使用二级结构预测的结果和其他已知结构信息辅助建模 Meta-predictor 使用多个预测方法 对收集的结果进行综合比较和分析 改进收集的结果 本章小结 重点介绍一些常用的蛋白质结构分析技术 获取蛋白质结构的实验方法 预测蛋白质结构的理论方法 蛋白质结构比对 蛋白质二级结构预测 蛋白质三级结构预测 随着蛋白质分析技术的不断深入，将促进我们从系统生物学的层次全面了解蛋白质的生物学功能 Thanks for your attention! The end~ * * 蛋白质结构预测 肖 飞 蛋白质三级结构预测的方法 1 2 3 方法比较 同源建模（比较建模） 基础 - 相似的序列结构相近 - PDB结构数据库的快速增长 - 结构基因组学的启动 - 发散进化 特点 - 相对精确可靠 假设待预测三维结构的目标蛋白质为U（Unknown），利用同源模型化方法建立结构模型的过程包括下述6个步骤： （1）搜索结构模型的模板(T) （2）序列比对 （3）建立骨架 （4）构建目标蛋白质的侧链 （5）构建目标蛋白质的环区 （6）优化模型 U ? T 预测结果准确率： 对于具有60%等同的序列，用上述方法所建立的三维模型非常准确。若序列的等同部分超过60%，则预测结果将接近于实验得到的测试结果。 一般如果序列的等同部分大于30%，则可以期望得到比较好的预测结果。 同源建模 数据库搜索 选择模板 依据模板构建骨架模型 环状、侧链的构建，优化 结构合理性评估 结构模型 YES NO 分子式：pGlu-His-Trp-Ser-Tyr-Gly-Leu-Arg-Pro-Gly-NH 同源模建确定一对柔性分子相应功能团可能的空间取向 模 板 加模板 3. 同源建模法的局限性 传统的比较建模是通过PSI-BLAST找到已知结构的相关蛋白。最近如进行profile－profile比较和有效利用结构信息的更加复杂的方法已不仅显著增加了比对的质量而且远程同源(remote homologue)检测的能力。因此，比较建模和折叠识别在基于模板的建模方法中的区别现已十分模糊。开发新的比较建模和折叠识别的算法导致网上各种预测方法的出现，这包括结构预测meta-服务器。 蛋白质三维结构预测服务通过因特网对公众免费开放(同源建模)： 瑞士生物信息研究所 SWISS-MODEL 丹麦技术大学生物序列分析中心 CPHmodels 比利时拿摩大学 ESyPred3D 英国癌症研究中心 3DJigsaw 4. 常用建模服务器和软件简介 Accelrys Discovery Studio 软件 InsightII FAMS 同源蛋白质结构预测的方法 　　 1）片段组装法：SWISS-MODEL 2）距离几何法：MODELLER SWISS-MODEL: //SWISS-MODEL.html SWISS-MODEL://SWISS-MODEL.html 提交查询序