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第0章 绪论
分子生物学 广义层次:在分子水平上研究生命活动及其规律的科学。
狭义层次:生物学分支,研究生物大分子结构、功能、相互作用,从分子水平揭示生物遗传变异机制。
分子生物学的新学科:
功能基因组学:依附于对DNA序列的了解,应用基因组学的知识和工具去了解影响发育和整个生物体的特征序列表达谱。
蛋白质组学:以蛋白质组为研究对象,研究细胞内所有蛋白质及其动态变化规律的科学。
生物信息学:对DNA和蛋白质序列资料中各种类型信息进行识别、存储、分析、模拟和传输。
系统生物学:是在细胞、组织、器官和生物体整体水平研究结构和功能各异的各种分子及其相互作用,并通过计算生物学来定量描述和预测生物功能、表型和行为。
结构分子生物学:是以分子生物物理学为基础,结合化学和分子生物学方法测定生物大分子复合体的空间结构、精细结构以及结构的运动,阐明其相互作用的规律和发挥生物功能的机制,从而揭示生命现象本质的科学 。
第1章 遗传的物质基础
证明核酸是遗传物质的经典实验:
Griffith and Avery 肺炎链球菌转化实验
Hershey and Chase T2噬菌体转导实验————(DNA是遗传物质
通过TK gene进行的真核细胞转染实验
烟草花叶病毒病毒重建实验————————(RNA也是遗传物质
转化(transformation)指将质粒或其他外源DNA导入处于感受态的宿主细胞,并使其获得新的表型的过程。
转导(transduction)由噬菌体和细胞病毒介导的遗传信息转移过程也称转导。
转染(transfection)指真核细胞主动或者被动导入外源DNA 片段而获得新表型的过程。
核酸——基本单位是核苷酸
每分子核苷酸包含一个碳、氮原子的杂环化合物(碱基)、一个环状五碳糖(戊糖)和一个磷酸分子基团。
碱基分为嘌呤和嘧啶两种。
戊糖分为2-脱氧核糖和核糖。
核苷酸的连接
5’-三磷酸核苷酸是核酸合成的前体。三磷酸的5’末端与多聚核苷酸链末端的
3’-OH基团反应,释放三磷酸的两个末端磷酸基团((和(),(磷酸与多聚
核苷酸链末端的糖的3’-OH成键。
概念
Antiparalle(反向平行):DNA双链沿相反的方向构成,一条链的5’端对应另一条链的3’端。
Base pairing(碱基配对):在DNA双链中碱基存在特异的相互作用,AT互补,CG互补,以氢键结合。
Complementary(互补):碱基配对是由DNA双链中的配对作用决定的,AT配对,CG配对。
Supercoiling(超螺旋):空间中闭环双链DNA进一步旋曲形成的三级结构。
基因gene:基因是指存在于细胞内有自体繁殖能力的遗传单位,这种单位在染色体上占有一定位置而作直线排列。基因是具有特定的核苷酸顺序的核酸分子中一个片段,是携带有特定遗传信息的功能单位。
DNA一级结构——DNA分子中核苷酸的排列顺序(即碱基顺序)
DNA二级结构——双螺旋double helix
主链(backbone):脱氧核糖和磷酸基通过酯键交替连接而成。二条主链绕一共同轴心以右手方向盘旋、反向平行形成双螺旋构型。主链处于螺旋外则。
碱基对(base pair):碱基位于螺旋的内则,以垂直于螺旋轴的取向通过糖苷键与主链糖基相连。同一平面的碱基在二条主链间形成碱基对。配对碱基总是A与T和G与C。碱基对以氢键维系,A与T间形成两个氢键,G与C间形成两个氢键。
大沟和小沟:大沟和小沟分别指双螺旋表面凹下去的较大沟槽和较小沟槽。小沟位于双螺旋的互补链之间,而大沟位于相毗邻的双股之间。这是由于连接于两条主链糖基上的配对碱基并非直接相对, 从而使得在主链间沿螺旋形成空隙不等的大沟和小沟。 在大沟和小沟内的碱基对中的N和O原子朝向分子表面。
结构参数:螺旋直径2nm;螺旋周期包含10对碱基;螺距3.4nm;相邻碱基对平面的间距0.34nm。
DNA构象的多样性
B-DNA, A-DNA, C-DNA, D-DNA, S-DNA 的共同特征:右手双螺旋。
Z-DNA:嘌呤与嘧啶交替排列(GGCGCG);左手双螺旋;只有一个螺旋沟,狭而深;细胞DNA分子中确实存在Z-DNA。
DNA三级结构包括:链的扭结和超螺旋、单链形成的环、环状DNA的连环体。
检测DNA三级结构的方法
类型 形态 拓扑结构 电泳迁移率 I 闭合环 超螺旋 最快 II 开环 松弛型 最慢 III 线性 松弛型 中等速度 密度梯度离心
凝胶电泳————————————(
电镜观察
GC含量: DNA的碱基组成通常用GC百分含量表示,注意所谓百分含量是指摩尔百分比。
变性复性
变性(denaturation)/解链(melting):稳定的双螺旋结构DNA分子由于维持稳定性
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