分子进化分析与相关分析软件的应用--实验13详解.pptVIP

Xiaofang Xie College of Life Science Fujian Agriculture and Forestry University E-mail:xxf317@ 内容提要 分子进化分析介绍 系统发育树重建方法 分子进化分析软件简介 系统发生与系统发生树 基本概念： 系统发生（phylogeny）——是指生物形成或进化的历史 系统发生学 phylogenetics ——研究物种之间的进化关系 系统发生树（phylogenetic tree）——表示形式，描述物种之间进化关系 分子钟理论 内容提要 分子进化分析介绍 系统发育树重建方法 分子进化分析软件简介 系统发育树重建分析步骤 系统发育树重建的常用的几种方法 最大简约法 maximum parsimony,MP 距离法 distance 最大似然法 maximum likelihood,ML 距离法 距离法又称距离矩阵法，首先通过各个物种之间的比较，根据一定的假设（进化距离模型）推导得出分类群之间的进化距离，构建一个进化距离矩阵。进化树的构建则是基于这个矩阵中的进化距离关系 。 通过矩阵建树的方法 由进化距离构建进化树的方法有很多，常见有： 1.Fitch-Margoliash Method（FM法） 2. Neighbor-Joining Method NJ法/邻接法 3. Neighbors Relaton Method 邻居关系法 4.Unweighted Pair Group Method UPGMA法 Neighbor-Joining Method NJ法/邻接法 构建进化树的操作程序 1.两两比对,找出关系最近的序列对，如A和B； 2.将AB作为一个简单复合序列，分别计算AB到所有 其他序列的距离的平均值； 3.确定下一对关系最近的序列，重复前面的步聚计 算枝长； 4将其作为一个新的复合单元序列，重复整个过程，直至发现与原始数据最符合的树。 系统发生分析实例 分析的对象 13条来自不同物种的同源蛋白质 （1）多重序列比对 （2）构建系统发生树 根据序列比对结果计算序列之间的距离，生成距离矩阵。然后分别利用聚类方法和拓扑学方法建立系统发生树。 系统发生分析常用软件 1 PHYLIP 2 PAUP 3 TREE-PUZZLE 4 MEGA 5 PAML 6 TreeView 7 VOSTORG 8 Fitch programs 9 Phylo_win 其它程序见： /phylip/software.html * * 分子进化分析与相关 分析软件的应用 Charles Darwin 1809-1882 从一个分歧数据可以推测其他 序 列 分 歧 度 分歧时间 x y 多序列比对（自动比对，手工比对） 建立取代模型（建树方法） 建立进化树 进化树评估 计算序列的距离，建立距离矩阵 通过距离矩阵建进化树 一种简单的距离矩阵 3 3 2.寻找亲缘关系最近的分类单元。A和B亲缘关系最近。进化树起源于连接A和B分支的交点。每一分支长度为6÷2 3。 A B 16 14 12 D 16 10 8 C 14 10 6 B 12 8 6 A D C B A 1.表中所列为分类单元A-D之间的遗传距离 3 3 3.估算AB与其他分类单元的遗传距离。 （a）计算AB与C的平均距离：从A至C的距离为8，从B至C的距离 为10，AB与C的距离为18÷2 9 （b）计算AB与D的平均距离：从A至D的距离为12，从B至D的距 离为14，AB与D的距离为26÷2 13 A B 16 14 12 D 16 10 8 C 14 10 6 B 12 8 6 A D C B A 3 3 4.因为9小于13，因此C较之D距离AB更近，C应排在连接前一起点的下一个位置。新起点分支长为9÷2 4.5。 A B 16 14 12 D 16 10 8 C 14 10 6 B 12 8 6 A D C B A 1.5 4.5 C 3 3 5.估算ABC与D的距离：从A至D的距离为12，从B至D的距离为14，从C至D的距离为16，从ABC至D的距离为42÷3 14。 6.将D加入进化树，新的分支长为１４÷２＝７． A B 16 14 12 D 16 10 8 C 14 10 6 B 12 8 6 A D C B A 2.5 7 1.5 4.5 C D 系统发生树的可靠性 对于所构建的系统发生树，统计分析的误差可能会影响所建树的可靠性。 问题： 整棵树和它的组成部分（分支）的置信度是多少？ 这样得到正确的树的可能性比随机选出一棵是正确的树的可能性大多少？